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mRNA発現の低下の原因 トピック削除
No.6336-TOPIC - 2017/09/25 (月) 15:32:01 - heita311
molecular系の医系大学院1年目の者です。基礎的な内容のことをお聞きして申し訳ありません。

ある遺伝子をノックアウトしたマウス由来の細胞と、wild type マウス由来の同種の細胞をマイクロアレイに提出しmRNA発現を網羅的に解析したところ、ある転写因子AのmRNA発現がノックアウトマウス由来の細胞において低下していました。しかし、Aのすぐ上流とされている因子は低下していませんでした。

これは、ノックアウトにより、
@Aのすぐ上流の因子が、蛋白レベルで阻害されている(リン酸化等)
AAの転写を直接阻害されている

の2つの可能性があるのでしょうか。
自分で考えてもどうしてもわからず、教えていただきたいと考え投稿させていただきます。
説明が分かりにくく申し訳ありません。

ご教示のほど、何卒宜しくお願いいたします。
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.6336-5 - 2017/09/26 (火) 16:45:46 - heita311
解決しました。
有難うございました。

(無題) 削除/引用
No.6336-4 - 2017/09/26 (火) 16:43:38 - heita311
mon様、おお様、早速のご教示誠にありがとうございます。
私が詳しく状況を説明できなかったにもかかわらず、深く考察していただき、本当にありがとうございます。
非常に勉強になりました。
教えていただいた内容を吟味して、自分なりに考察していきたいと考えます。

この度は有難うございました。

(無題) 削除/引用
No.6336-3 - 2017/09/25 (月) 23:01:19 - おお
>Aのすぐ上流とされている因子は低下していませんでした。

Aの転写を制御する因子が他にもある可能性。
遺伝子Aの領域がメチレーションなどにより、転写因子がアクセスしにくい可能性
転写抑制因子が関与する可能性
Non-coding RNAなどが転写などに関与している可能性。
RNAの翻訳や安定性、局在性、processingの変化によるもの。
2次的、3次的な変化

@Aのすぐ上流の因子が、蛋白レベルで阻害されている(リン酸化等)
AAの転写を直接阻害されている

Aが具体的に何を考えているのかわかりませんが、可能性はありますがあくまでも考えられる可能性の一つです。

(無題) 削除/引用
No.6336-2 - 2017/09/25 (月) 17:07:25 - mon
これだけの情報では、遺伝子Aが転写因子であることは意味が無いですね。
mRNA量の変化は、転写速度とprocessing速度の変化・安定性(分解速度)の変化で引き起こされます。
つまり(1)(2)は判別出来ないので、「遺伝子Aの転写を促進(あるいは維持)するシグナル伝達系を阻害する」と言い換えた方がわかりやすいでしょう。
また、「遺伝子AのmRNAの安定性を低下させている」可能性もあります。
なお、マイクロアレイのプローブがどの領域を使用しているか不明なのでprocessingに関しては判りません。

mRNA発現の低下の原因 削除/引用
No.6336-1 - 2017/09/25 (月) 15:32:01 - heita311
molecular系の医系大学院1年目の者です。基礎的な内容のことをお聞きして申し訳ありません。

ある遺伝子をノックアウトしたマウス由来の細胞と、wild type マウス由来の同種の細胞をマイクロアレイに提出しmRNA発現を網羅的に解析したところ、ある転写因子AのmRNA発現がノックアウトマウス由来の細胞において低下していました。しかし、Aのすぐ上流とされている因子は低下していませんでした。

これは、ノックアウトにより、
@Aのすぐ上流の因子が、蛋白レベルで阻害されている(リン酸化等)
AAの転写を直接阻害されている

の2つの可能性があるのでしょうか。
自分で考えてもどうしてもわからず、教えていただきたいと考え投稿させていただきます。
説明が分かりにくく申し訳ありません。

ご教示のほど、何卒宜しくお願いいたします。

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