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シークエンスを読むときのプラスミド トピック削除
No.6332-TOPIC - 2017/09/23 (土) 00:19:30 - シークエンス
ライゲーション反応によりプラスミドを構築した後、そのプラスミドに挿入したinsertの配列を読みたいのですが、その時に使用するプラスミドは、ミニプレップ後のものでしょうか?それともラージプレップまで行った後のものでしょうか?
よろしくお願いいたします。
 
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No.6332-5 - 2017/09/29 (金) 04:09:08 - JAX
みなさんも仰っていますが、基本的にMiniprep後のもので十分だと思います。
私も以前Miniprep後のものをシークエンスを確かめて、しばらく後に心配になってMaxiprep後のものをシークエンスで確かめましたが、配列は問題ありませんでした。

(無題) 削除/引用
No.6332-4 - 2017/09/23 (土) 07:38:08 - 常に心配性
トピ主さんが何を心配しているのか、イマイチわからない。

1)ラージプレップまでしないと、必要な量が取れずまた精製度も足りないのでは?
->おおさんとmNeonGreenの仰るとおり。普通、ミニプレップで大丈夫です。

2)ミニプレップで確認しても、それをラージスケールで増やしたときに完全にミニプレップと同じものが取れるとは限らないのでは?
->LB brothで増やした場合、PCRみたいにミスが起こることはまあ無いですよ(Proof readingの酵素の、何倍だったかわすれてしまった…とにかくものすごく正確で、ミスがおこる確率は無視してもかまわないレベル)。

それでも心配であれば、ミディプレップかなにかをやる際、いつもより1〜2mL多めのbrothで行って、culture後にその1〜2mLを使ってミニプレップを行ってシークエンスを読んで、確認後に残りのculture液(遠心かけてペレットにして-20Cか-80度で保存しておけば大丈夫)でラージプレップをしてみては?こうすれば、間違ったプラスミドの為にラージプレップのキットなり試薬なりを無駄にすることは無くなります。

(無題) 削除/引用
No.6332-3 - 2017/09/23 (土) 05:01:54 - mNeonGreen
必要量と、それなりの精製度があればシークエンスはいけます。

(無題) 削除/引用
No.6332-2 - 2017/09/23 (土) 01:34:08 - おお
必要量あればいいだけの話です。

シークエンスを読むときのプラスミド 削除/引用
No.6332-1 - 2017/09/23 (土) 00:19:30 - シークエンス
ライゲーション反応によりプラスミドを構築した後、そのプラスミドに挿入したinsertの配列を読みたいのですが、その時に使用するプラスミドは、ミニプレップ後のものでしょうか?それともラージプレップまで行った後のものでしょうか?
よろしくお願いいたします。

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