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(無題) 削除/引用 No.6326-4 - 2017/09/22 (金) 02:08:19 - あーれー 8年ほど前の大昔に同じような比較実験をしました。マイクロアレイのデータはcelファイルでもらい、Genedata Expressionistのソフトで二群間の発現の比較をしてそれをエクセルファイルにし、そのエクセルファイルをIPAに入れてパスウェイの解析を、といった流れでやってました。emaさんのおっしゃるように生データをIPAに直接入れるのではなくて、比較したデータを入れて解析していました。古い情報でごめんなさい。みなさんがおっしゃるようにIPAの会社に聞くといいかもですね。

マニュアルを読んでから 削除/引用 No.6326-3 - 2017/09/21 (木) 16:33:35 - ema アレイの生データをIPAに入れても非常に重くて、関連性も解析できません。遺伝子群抽出をしてからです。GeneSpringと連動して解析すると快適なのですが。 購入しているとマニュアル（PDFとか）はもらえますが、「アレイ野郎」さんのところではどう運用されてますか？ ここのサイトはマニュアルを公開していました。 DDCID＜附属感染症DNAチップ開発センター＞ https://sites.google.com/site/rimdddcid/omikusukaiseki-sofutouea-ichiran/ipa-pasu-u-ei-kaiseki-sofuto Q＆AはWebもしくはIPA販売のトミーデジタル上野の本社で無料で行えます。 講習は有料。

(無題) 削除/引用 No.6326-2 - 2017/09/20 (水) 12:33:23 - まる IPAの会社、たしかトミーデジタルなんとかに電話で聞いた方が早いですよ

IPA解析（マイクロアレイデータ） 削除/引用 No.6326-1 - 2017/09/20 (水) 10:45:15 - アレイ野郎 　いつも参考にさせていただいています。 　こちらで質問するのは分野が異なるかと思いましたが、 　有識者の方、ご教授いただければ幸いです。 　当研究室で使用得た、マイクロアレイデータを用いて 　 　IPAによる、パスウェイ解析を行いたいと考えています。 　 　しかし、そのやり方を知っているものがおらず自分で行うことに 　なってしまいました。 　現在こちらにあるデータは二群間（薬剤投与群、対照群） 　での発現遺伝子の差であり、これらのデータを用いて 　上流回路の予測をIPAをもちいて行いたいと思っています。 　しかし、どの機能を用いていいかわからず困っています。 　有識者の方がおられましたら、やり方までといかないものの 　キーワードか何かを教えていただきたいです。 　なにを言っているかわからないと感じる方も多いと思います、 　解析ソフトを使うのは自分も初めてで、予備知識等も現在勉強中です。 　どうぞよろしくお願いします。

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