M22０を使っていますが、メーカーの言うとおり条件設定を一度すれば。非常に安定したDNA剪断効率を示しています。
> 細胞を固定、可溶化後の超音波処理は、共通機器室のAFA Technology（Covaris）という制御された超音波装置を用いる予定です。この時、この機器では処理後のゲノム断片のサイズを電気泳動することなく知ることは可能でしょうか？
普通はそんな機能ついてないんじゃないでしょうか？あったら画期的。
> 通常のクロマチン免疫沈降ではゲノム剪断後のサイズは500-2000bpが良いと教わりました。
> ですが、超音波処理後に電気泳動を毎回しないといけないとサイズがわからないということでしょうか？
M220で非常に安定した剪断効率を得ていますが、電気泳動で毎回サイズをチェックしてます。私はサンプルをQiagenのカラムで精製しますので、10kbより大きいものが大半（なんてことがないように条件設定してますが）で精製に不適な場合はIP後のサンプルをもう一度剪断ということにしています（ただしそんなことはここ1−2年おきてません）。
> もちろん強さを固定して、時間を振るような条件検討をするのが一番ですが、なかなかプライマリー細胞由来だと現実的には厳しそうです。みなさんどうされていますか？
ChIPの肝は条件設定にあると思っています。メーカーが提示している基本的なソニケーション条件がありますのでその前後で３−４条件振るのは難しいことではないと思います。プライマリーだから、おっしゃいますが少なくとも今回ChIP出来る細胞数は得られたのですよね。数回に分けてでも条件設定に必要な細胞を集めてやってみてはいかがでしょうか？ |
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