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(無題) 削除/引用 No.6283-5 - 2017/09/07 (木) 20:44:33 - 橘 遺伝暗号が異なる生物を含む系統樹をアミノ酸配列に基いて推定する場合、遺伝暗号の違いにより、コドン使用頻度、アミノ酸頻度がOTU間で著しく異なります。本来はそんな状況で系統樹推定するのはマズいのですが、系統樹が必要なためにどうしてもやらざるを得ないことはあります。 そのような場合、そのまま既存のプログラムに与える場合もありますが、Dayhoff codingと言って、20種のアミノ酸のうち、性質の近いものをまとめて6種類に減らしてしまう方法がしばしば利用されます。情報量は減りますが、形質状態の頻度のOTU間での違いはずっと小さくなります。頻繁に起きる置換の情報は捨てられる形になりますので、大まかな樹形はこちらの結果を採用し、近縁なOTU間の系統樹はDayhoff codingせずにその近縁なOTU群だけで系統樹を推定するといいでしょう。 アミノ酸頻度がOTU間で異なることを許容するNonhomogeneous modelというものを当てはめて推定する方法もありますが、プログラムがLinux上でしか動作せず、計算も遅いのでおすすめしません。

(無題) 削除/引用 No.6283-4 - 2017/09/06 (水) 15:50:17 - カナダモ 理解しました。 タンパク質合成機構の違いというのは，通常の分子系統解析ではおそらく考慮されません。 特別な場合を除けば，原核だけ or 真核だけで作成する場合と同様の手法で問題ないと思います。 また，アミノ酸配列の系統解析についていえば，原核と真核両方の配列を用いて系統樹を作成するというのも珍しいことではないと思います。 例えば先週のScienceの論文では，"系統"さんがおっしゃるような，真核藻類と原核生物の配列を含む系統樹が示されています（Fig. 6）。 http://science.sciencemag.org/content/357/6354/903

(無題) 削除/引用 No.6283-3 - 2017/09/06 (水) 12:48:03 - 系統 お返事ありがとうございます。 あるタンパク質とそのホモログを使います。 原核と真核でタンパク質合成の差異が系統樹にも影響が出ると思いました。

(無題) 削除/引用 No.6283-2 - 2017/09/06 (水) 12:19:59 - カナダモ ちょっとおっしゃっていることが混乱しているように思うのですが，系統樹の作成には「あるタンパク質とそのホモログ」の配列を用いるのですか，それともrRNA配列を用いるのですか？

系統樹作成(真核、原核共に含む) 削除/引用 No.6283-1 - 2017/09/06 (水) 00:36:00 - 系統 系統樹に詳しい方が周りにおらずこちらにご相談させていただいています。 あるタンパク質とそのホモログタンパク質を用いて系統樹の作成をすることになりました。そのホモログ中に真核生物(藻類)と原核生物が共に混じっています。 それぞれ、18SrRNA、16SrRNAと別のものを用いることから alignmentの手法(全てとなりますが)から先がわかっていません。 分子系統学を研究されている方の論文を系統樹を参考にしようと探しましたが、真核だけ、原核だけで作成している方しか見当たらず進まない状況です。 どなたか詳しい方いらしましたら、ご教授願いたいです。

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