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(無題) 削除/引用 No.6277-8 - 2017/09/06 (水) 19:21:30 - Kent おおさん、 さらなるご指摘ありがとうございます。 一点、気になっているのはこのタンパク質のpIはおよそ8.8で大変高いです。 そのようなタンパク質が透析中に析出するようなことがあるのかなとも思っていました。 >[Re:7] おおさんは書きました : > 蛋白の機能（活性）や構造などに直接関係あるコファクターのようなものかもしれませんが、あまり蛋白の機能に関係ないがたまたま精製の過程で一緒の挙動を示して共存するものが可溶性に影響を与えていた可能性もあるので、コファクターと断定しないほうがいいのかもしれません。よくありそうなものだとRNAのフラグメントなど共存していたかもしれません（核酸に関係ない蛋白でも）、ある程度以上小さくなると透析で抜けていくでしょうし。もちろんZnフィンガーなどの指摘があるように、構造や活性などで金属イオンを抱え込む蛋白はそれなりにありますので、Mg++、Ca++とか鉄、銅、マンガン、コバルトといろいろな可能性も場合によっては視野に入れたほうがいいのかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.6277-7 - 2017/09/06 (水) 17:54:45 - おお 蛋白の機能（活性）や構造などに直接関係あるコファクターのようなものかもしれませんが、あまり蛋白の機能に関係ないがたまたま精製の過程で一緒の挙動を示して共存するものが可溶性に影響を与えていた可能性もあるので、コファクターと断定しないほうがいいのかもしれません。よくありそうなものだとRNAのフラグメントなど共存していたかもしれません（核酸に関係ない蛋白でも）、ある程度以上小さくなると透析で抜けていくでしょうし。もちろんZnフィンガーなどの指摘があるように、構造や活性などで金属イオンを抱え込む蛋白はそれなりにありますので、Mg++、Ca++とか鉄、銅、マンガン、コバルトといろいろな可能性も場合によっては視野に入れたほうがいいのかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.6277-6 - 2017/09/06 (水) 03:07:34 - Kent 多くのご指摘ありがとうございます。 低分子のコファクターのようなものが関与している可能性があるということで理解できました。 今回のサンプルはすでに一つカラムを通したもので、このようなコファクターが、精製の段階では抜けずに、透析で抜けた可能性も考えられます。 もう少し注意して、いくつかの実験を試してみたいと思います。 ありがとうございました。 >[Re:5] おおさんは書きました : > 単純に考えて、もともとのストックになにか低分子のものが入っていてそれが抜けた可能性が考えられます。なのでその最初のPBSの蛋白溶液がどのように作られたのかもヒントになるかもしれません。抜けたものはその蛋白のコファクターなのかもしれませんし、単純に構造維持に寄与しているだけ（例えばアルギニンなど）なのかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.6277-5 - 2017/09/06 (水) 01:53:52 - おお 単純に考えて、もともとのストックになにか低分子のものが入っていてそれが抜けた可能性が考えられます。なのでその最初のPBSの蛋白溶液がどのように作られたのかもヒントになるかもしれません。抜けたものはその蛋白のコファクターなのかもしれませんし、単純に構造維持に寄与しているだけ（例えばアルギニンなど）なのかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.6277-4 - 2017/09/06 (水) 01:27:09 - う それはもちろんZn finger proteinです。

(無題) 削除/引用 No.6277-3 - 2017/09/05 (火) 23:55:22 - Kent TK-1さん、 Zn fingerはなさそうですが、このようなタンパク質はZnが取れると凝集しやすいのでしょうか？ >[Re:2] TK-1さんは書きました : > Zn finger domainが中にないですか？

(無題) 削除/引用 No.6277-2 - 2017/09/04 (月) 02:38:50 - TK-1 Zn finger domainが中にないですか？

透析によるタンパク質の凝集 削除/引用 No.6277-1 - 2017/09/04 (月) 00:40:49 - Kent 今あるタンパク質の精製を行っているのですが、透析中にタンパク質が凝集して困っています。 もともとはPBS中にあったタンパク質を0.5M NaClを含むPBSで溶出し、その後PBSで透析すると次の日に懸濁が見られました。 SDS-PAGEの結果、これが目的のタンパク質であることが分かりました。 別の目的で、PBSから20mM Tris, pH7.4, 150mM NaClへ単に透析しただけで同じく懸濁が見られましたので、単なる塩濃度の違いで凝集している感じでもないです。 PBS中で4度で長期間保存しておいてもこのような凝集は見られないので、明らかに透析が問題だと思っているのですが、原因の可能性が見つけられないでいます。 何か思い当たることがありましたらぜひ教えてください。 よろしくお願いします。

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