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(無題) 削除/引用 No.6272-10 - 2017/09/05 (火) 10:35:08 - mon 文献に載っている短い配列はin vitroでの検証が多くせいぜい一過性発現で、データを見る限りpolyA付加の効率はそこそこなので、実験のための実験に陥らないように注意してください。 mさんの本当の目的がよく分かりせんが、pGLの配列情報もダウンロードできますので、実績のあるものを使った方が手間がないと思います。 レトロウィルス等を使わない限りpolyAサイトの長さなんか発現ベクターサイズの誤差みたいなものです。ベクターサイズを小さくするには、大腸菌用の選択マーカーやoriの周りの不要な配列をトリミングするのも有効です(ori+AmpRで2kb以下にできます）。 また、発現強化にはenhancer, Intron, sMAR, UCOE, WPRE等のエレメントの方が効果的です。 マニアックなInvivogenのベクターもお薦めです。

(無題) 削除/引用 No.6272-9 - 2017/09/05 (火) 06:09:14 - おお >既存の配列の応用が多く おそらく文献をあさるとどこの部分が必要とかいろいろキャラクタライズがされているでしょうから、文献検索されるといいと思います。おそらく古い文献が結構あると思います。

ありがとうございます。 削除/引用 No.6272-8 - 2017/09/05 (火) 06:04:26 - m みなさま、ありがとうございます。 ご意見参考になりました。 多数の発現plasmidが出ていますが、既存の配列の応用が多く、改善の余地も相当あると、考え直しました。 これからもよろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用 No.6272-7 - 2017/09/04 (月) 15:47:46 - AP monさん、わざわざ調べてくださって、ありがとう。

(無題) 削除/引用 No.6272-6 - 2017/09/04 (月) 09:23:49 - mon なお、先ほどの論文はOpen Accessですので、PDFが無料でダウンロードできます。

(無題) 削除/引用 No.6272-5 - 2017/09/02 (土) 20:47:06 - mon >[Re:4] APさんは書きました : > 横からですが、真核生物の転写停止シグナルって見つかったんですか？ いくつか論文を当たりましたが、明確なコンセンサス配列は無いようです。 Skourti-Stathaki, K., Proudfoot, N. J., & Gromak, N. (2011). Human Senataxin Resolves RNA/DNA Hybrids Formed at Transcriptional Pause Sites to Promote Xrn2-Dependent Termination. Molecular Cell, 42(6), 794–805. http://doi.org/10.1016/j.molcel.2011.04.026からコピペ。 Efficient Pol II termination is dependent on both a functional poly(A) signal and downstream terminator sequences. Two classes of terminator sequences have been identified in human genes: cotranscriptionally cleaved (CoTC) RNA sequences and transcription pause sites. The human b-globin gene contains a CoTC element, located ~1kb downstream of the poly(A) site, which is essential for efficient Pol II transcriptional termination. Another pause site, defined as the G-rich MAZ termination element. The human b-actin gene possesses a G-rich pause element downstream of the poly(A) signal. Interestingly, genome-wide analysis reveals that G-rich sequences immediately downstream of poly(A) signals are relatively common in mammalian genes.

(無題) 削除/引用 No.6272-4 - 2017/09/02 (土) 13:36:28 - AP >遺伝子発現を亢進させる最小のpolyA付加配列は、AATAAA+転写停止シグナル配列です 横からですが、真核生物の転写停止シグナルって見つかったんですか？

(無題) 削除/引用 No.6272-3 - 2017/09/02 (土) 13:07:14 - mon 遺伝子発現を亢進させる最小のpolyA付加配列は、AATAAA+転写停止シグナル配列です。これらの前後にpolyA付加を促進する配列がある場合も有ります。 短い人工的polyA付加配列は、pGL4ベクターシリーズのpromoterクローニング部位の上流に有ります。"synthetic; transcriptional pause site"が該当します。 比較的短くて機能的に優秀な配列は、同ベクター上の"SV40 late poly(A) region"です。

(無題) 削除/引用 No.6272-2 - 2017/09/02 (土) 08:26:48 - おお 目的のmRNAのPolyAをできるだけ短くしたいということですか？発現ベクターにできるだけ短いPolyAシグナルを使いたいということですか？PolyAシグナルのコンセンサス配列は１０ベースもなかったはずです。

短いPolyA 削除/引用 No.6272-1 - 2017/09/02 (土) 07:44:55 - m 真核細胞で遺伝子発現をやってます。 出来るだけ短いpoly Aを使いたいのですが、どなたかご教示願います。

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