全4件 ( 1 〜 4 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.6192-4 - 2017/08/09 (水) 09:37:35 - mon Splice variantといってもタンパクをコードする領域は同一なものも多いですよ。 そうであれば（kozak+)CDSのみベクターに組み込めば良い。 CDSにバリエーションがあるなら、おおさんのご指摘通り。

(無題) 削除/引用 No.6192-3 - 2017/08/08 (火) 02:40:47 - おお Yeah, what is it, TSG? Tumor suppressor gene? まず、あなたの実験対象の細胞などでどのスプライシングアイソフォームが発現していて、どれがドミナントなのか見てみるといいでしょう。かなりドミナントな物があればそれをまず見てみるのがいいかと。そういうデーターも論文に載せるデーターに十分なりえます。Tumor suppressor geneであれば、癌化したものとそうでないものを比べてスプライシングパターンに違いがあれば、Tumor suppressor geneとして働いている可能性のあるスプライシングアイソフォームを推測できるでしょう。 またそれぞれのアイソフォームのアミノ酸配列からドメイン解析をして（結論が出るかどうかはおいておいて）活性、ターゲット蛋白との結合ドメインなどの有無、リン酸化などの修飾されるアミノ酸のが飛ばされるか、挿入されるかとかなどの推測をやると、どのアイソフォームを使うのがいいかとか、複数の種類で比べたらどうかとか、いろいろアイデアが出ると思います。そういう推測がある程度合理性があるなら、論文にするとき選んだ理由を明記できますし、レビューアーからのツッコミも避けれるでしょう。

(無題) 削除/引用 No.6192-2 - 2017/08/08 (火) 02:10:29 - I I think it' better to clarify what is TSG.

過剰発現系でのスプライスバリアント選択 削除/引用 No.6192-1 - 2017/08/07 (月) 20:31:31 - Fufufu いつも勉強させて頂いております。 現在新規のTSG候補を同定しその機能解析をIn vitroで行っております。まずはsiRNAを用いてKnockdownによる表現型の解析が終わり、次にOverexpressionによる表現型の解析を行いたいと思っております。そこで、Overexpressionのプラスミドを購入しようと考えているのですが、同定した遺伝子には非常に多くのSplice variantが存在しており、そのどのVariantをOverexpressionさせるのが良いのか見当がつきません。あまり知られていない遺伝子で、過去にもそれぞれのVariantの機能を個々に検討された論文は見つけられませんでした。このような場合に、どのVariantを過剰発現させてみるのが良いかを選択するなにか良い基準はありますでしょうか？

全4件 ( 1 〜 4 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する 名前  メール  　アドレス非公開    タイトル  本文       設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます） 上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません） 解決（問題が解決した際にチェックしてください） 暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。 送信

---

〔使い方〕 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。

---