Bio Technical フォーラム

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区画ごとの滞在時間を計測可能なフリーウェア トピック削除
No.6110-TOPIC - 2017/07/07 (金) 12:01:32 - AA
いつも勉強させていただいております。

現在、マウスの行動解析を行っているのですが、
装置上の一定の区画にマウスが滞在した時間を
計測可能なソフトを探しております。
可能であればAVI形式で撮影したビデオファイルを読み込んで
解析が可能であると非常に役立ちます。

実は、これまでにも解析はしていたのですが、
先日ソフトが入っていたPCが老朽化のせいか壊れまして、
導入した業者にソフトの別PCへの再インストールを求めたところ、
現在は古いバージョンを取り扱っておらず、
新しいバージョンを購入するしか無い、と言われました。
新バージョンを買うと数百万かかるそうで、安くあがる方法を検討しています。

ANY-mazeなどのソフトで解析ができることは知っているのですが、
あれも安くはないので安価で使えるソフトがあればご教示いただければ幸いです。

宜しくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.6110-15 - 2017/08/05 (土) 00:17:28 - サンショウウオ
 自作ソフトの妥当性の評価に関しては、かなり悩ましいところですね。普及させようと思うとかなり大事になりそうなとこだと思いました。



 私の方はPythonを使ったことがないので、Pythonのモジュールとして使用する予定は無いですが(PythonからCは呼び出せますが)
ドアのような装置の開閉を行うのであれば、色々省いて書くと、



//PC側(C++/CLR)

if(マウスが雄だった場合){
 arduino->WriteLine("1"); // "1"をArduino基板に送信してサーボを開ける制御


//Arduino側
 if(inputchar == 1 ){//PC側から"1"の信号を受け取った場合
//サーボモーターの制御によりドアを開ける
 }

 else{//サーボモーターの制御によりドアを閉める}

とかになります。部品はロボット関係のとこで揃うとは思います。

(無題) 削除/引用
No.6110-14 - 2017/08/04 (金) 23:50:00 - t.test
インデントが消えてしまった……

(無題) 削除/引用
No.6110-13 - 2017/08/04 (金) 23:47:53 - t.test
>サンショウウオさん
自分は高水準言語しか使えないしOpenCVも詳しくないので具体的にどのように実装するかについてはわかりません。
が、自分が使っている生物について考えたことがあるのは、カメラに写っている対象をインスタンスにできてハードも制御できるシステムがあればかなり高度なことができるのではないかと考えたことがあります。

pythonとかのAPIとして用意して、、、

import mtracker as mt #モーション追跡

mouse1 = mt.animal.Mouse(method='first') #式を評価後に最初に写ったマウス
door1 = mt.instrument.Door(address=0) #ドアの出力

if mouse1.is_male:
door1.open()

みたいな感じで。
なかなか活かせる人がいなくて普及しないかもしれませんが、、、


>strangerさん
ちょっと、両方の世界に共感を持つものとして意見を言います。

コンピュータスキルをある程度持っている人の考え方として、こういう単純な判断でコンピュータより人間の方が信頼できるということはないんじゃないかと思います。
つまり、ソフトを作って十分なテストを行ったら「コンピュータの判断が正解」だと考えるようになる。

サンショウウオさんのおっしゃるようにブラックボックスがない状態でアルゴリズムも提示していたら普通にそう考えると思います。
予想外のことなら予想外の出来事なわけで、人間もの判断だけが正しいとする理由もありません。

(無題) 削除/引用
No.6110-12 - 2017/08/04 (金) 23:28:14 - サンショウウオ
strangerさん

 質問有難うございます。
 
 今回作った試作ソフトについては、ソースコードを公開していて(リンク先下部)、なおかつ使用しているモジュールもオープンソースであるため、外部の人間がソフト内部の動作を検証することが可能です。市販ソフトと違ってブラックボックスになる部分は排してあります。

 ソフトの妥当性に関しては、使用者の系で試用・検証してもらって、それぞれの場合で納得いく動作をしたかどうか確認してもらうしかないのではないかと思います。市販ソフトには免責事項とか設けてあるのでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.6110-11 - 2017/08/04 (金) 23:15:54 - stranger
おもしろいですね。
ところで質問なんですが、こう行った自作ソフトを使った場合、その妥当性等はどう評価されるんでしょう。もちろん、本当は市販の機械でも一緒なんでしょうけれど。普通の解析でもプログラムを組んでやる時っていうのもありますよね。一応、目的の動作はするって確認はしますけれど、予測できないことも知らないとこで起こり得るわけで。とりあえずは、プログラムを必要ならば公開しますよっていう姿勢でいいんでしょうかね。じゃ、市販の機械はどうなんだってことにはならないですよね。
ふと、思いました。

(無題) 削除/引用
No.6110-10 - 2017/08/04 (金) 22:43:53 - サンショウウオ
t.testさん 

  一応、USB経由でArduinoと連動させて、マウスの特定の動作をトリガーとしてハードウェアを制御して、何らかの出力をすることは可能です。

 私もマウスを使った実験をしているわけではないので、現場の方からしたら不具合のあるソフトになっていると思います。(マウスを使っている人が多そうなここで見てもらえたら良いなとおもったのが投稿した理由だったりします。)

(無題) 削除/引用
No.6110-9 - 2017/08/04 (金) 22:09:41 - t.test
サンショウウオさん

面白いことやられましたね。

ArduinoとかRaspberryPiとかと組み合わせて、
ネズミさんのbehaviorに連動して出力できるパッケージを作れば売れそう。

まあ、わたしネズミ使っていないんで、言ってみただけですが。

(無題) 削除/引用
No.6110-8 - 2017/08/04 (金) 21:07:03 - サンショウウオ
https://media.dmm-make.com/item/4288/
更に改良してみた。
Windows 10 64 bit 版

座標の記録
自由な形の領域の分割が可能
どの領域に滞在しているかを判別可

(無題) 削除/引用
No.6110-7 - 2017/07/27 (木) 15:23:22 - サンショウウオ
https://media.dmm-make.com/item/4284/

こんな感じの試作ソフトができました。

(無題) 削除/引用
No.6110-6 - 2017/07/08 (土) 14:38:35 - AA
コメントありがとうございます。
BTXでも中古ならあるかもしれないのですね、
探してみたいと思います。

設備更新のタイミングというのは避けられないことなのですが、
なるべく先送りしたいとうのが人情ですね。。。

(無題) 削除/引用
No.6110-5 - 2017/07/07 (金) 23:25:06 - toto
失礼しました。BTXのマザボも中古で割とでていて、前に交換したことがあります。ソフトのライセンス認証はそのときは問題なかったですが、出る可能性はありますか。ともかく新しい解析系に移る時期というのはあるもので、良いきっかけになるかもしれませんね。

(無題) 削除/引用
No.6110-4 - 2017/07/07 (金) 20:08:49 - AA
おそらくマザボの問題なのですが、現在のPCが使っている形式が
BTXなもんですからなかなか入手ができず、
かと言って新しくATXのものを用意してしまうと、
構成が変わる都合上キャプチャーボードとの相性の問題や
OSのライセンスが問題になってまいりますので
やはり新規のものを用意する必要が出てしまうという状態です。
(当初はPCを再入手するだけなのでかかっても
数万〜10万円程度を予想しておりました)

CamshiftとOpenCVについてよく勉強してみたいと思います。
うまく動かせれば今後新しい実験系を立ち上げるときも
お金がいらなそうで非常に参考になりました。

(無題) 削除/引用
No.6110-3 - 2017/07/07 (金) 18:11:20 - toto
私ならまずはPCの修理を考えます。ハードディスクでなければ、たいていは電源、たまにマザボなので、特定してそこだけ新しいのにしたほうが早いし安いでしょう。うんともすんともいわず画面に表示もないときは電源です。5000円くらい。HDだと復旧になればピンキリですが。好きそうな学生とか教員にみてもらうとか?

(無題) 削除/引用
No.6110-2 - 2017/07/07 (金) 13:19:24 - サンショウウオ
OpenCVのCamshiftサンプルとか改造するといいですよ。Excelにも出せます



https://drive.google.com/file/d/0B1mnk-ukcbCENWg5Tm1zeml2TVE/view?usp=sharing

http://nonbiri-tereka.hatenablog.com/entry/2014/11/11/093128

区画ごとの滞在時間を計測可能なフリーウェア 削除/引用
No.6110-1 - 2017/07/07 (金) 12:01:32 - AA
いつも勉強させていただいております。

現在、マウスの行動解析を行っているのですが、
装置上の一定の区画にマウスが滞在した時間を
計測可能なソフトを探しております。
可能であればAVI形式で撮影したビデオファイルを読み込んで
解析が可能であると非常に役立ちます。

実は、これまでにも解析はしていたのですが、
先日ソフトが入っていたPCが老朽化のせいか壊れまして、
導入した業者にソフトの別PCへの再インストールを求めたところ、
現在は古いバージョンを取り扱っておらず、
新しいバージョンを購入するしか無い、と言われました。
新バージョンを買うと数百万かかるそうで、安くあがる方法を検討しています。

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