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PCRのprimerについて トピック削除
No.6105-TOPIC - 2017/07/04 (火) 23:56:41 - 駆け出し大学院生
mRNAの定量測定のために、RT-qPCRを検討しています。

PCRを勉強し始めたのですが、、、primerについて質問です。

論文によってprimerの配列が全然違うのですが、イメージ的には配列特異的なのがprimerなので、すべて同じになるのが通常かと思っていたのですが、、、3種類も出てきました。

そんなものなんでしょうか??
 
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有難う御座います。 削除/引用
No.6105-8 - 2017/07/06 (木) 10:14:07 - 駆け出し大学院生
>CD様

なるほど、、、以外と小さい範囲で増幅させるのですね。
成書も読んで、分からないところは経験のある人に相談させて頂きます。
有難う御座いました。

(無題) 削除/引用
No.6105-7 - 2017/07/06 (木) 04:44:24 - CD
qPCRで増幅する産物の大きさは100bpくらいではないでしょうか?mRNAの大部分を代表するような形でプライマーは設定しないです。

TSさんの仰る通りまずは成書を読んだり、経験のある人に直接相談したほうが安全だと思います。ここでちょろっと説明を受けたくらいで理解した気になるのは危険かと。

(無題) 削除/引用
No.6105-6 - 2017/07/06 (木) 00:15:30 - 駆け出し大学院生
すいません。
本文が入らない間にEnterを押してしまいました。

>TS様
確かに、各種メーカーの説明が分かりやすい印象があったので、一度目を通して基本を勉強することにします。

>0
分かりやすい説明を頂き、有難う御座います。

PCRで増幅させていくコピーは、なにもmRNA全体を包括していなくても、良い、みたいなイメージでしょうか。
そのmRNAの大部分をコピーできる特異的なプライマーであれば、、、

ということでしょうか。有難う御座います。

有難う御座います。 削除/引用
No.6105-5 - 2017/07/06 (木) 00:10:56 - 駆け出し大学院生

(無題) 削除/引用
No.6105-4 - 2017/07/05 (水) 16:14:47 - 0
分かりやすくするために塩基ではなく単純なアルファベットで表現します

ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZという並びがあったとして、
A-Zを増幅させるならABCD/WXYZに対するprimerを作ります。
ですが、必ずしもA-Zを増幅させなくてはいけないでしょうか?
たとえばF-Yという部分を増幅させても良いのでは?
その場合にはFGHI/VWXYに対するprimerを設定します。


単純に考えるとこんな感じです。
(もちろん場合によってはF-Yではダメな時もあります)

(無題) 削除/引用
No.6105-3 - 2017/07/05 (水) 11:57:12 - おお
調べたい遺伝子に対して特異的ということですね。

(無題) 削除/引用
No.6105-2 - 2017/07/05 (水) 08:25:00 - TS
発現解析のためのプライマーですよね。そんなもんですよ。

「配列特異的」はあってますが、
「配列特異的」=「1種類しか作れない」ではないですね。

CDSとか決まった領域を増幅するPCRであれば、1種類になるでしょうけど。

これから始めるのであれば、PCRの専門書とか読まれては?
プライマー作成には他にもいろいろ大切なことがあります。
最近は各種メーカーのHPにもわかりやすいガイドがありますよ。

PCRのprimerについて 削除/引用
No.6105-1 - 2017/07/04 (火) 23:56:41 - 駆け出し大学院生
mRNAの定量測定のために、RT-qPCRを検討しています。

PCRを勉強し始めたのですが、、、primerについて質問です。

論文によってprimerの配列が全然違うのですが、イメージ的には配列特異的なのがprimerなので、すべて同じになるのが通常かと思っていたのですが、、、3種類も出てきました。

そんなものなんでしょうか??

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