Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る　|　トピック一覧　|　研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム（readのみ）

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

接着細胞の形状解析 トピック削除
No.6099-TOPIC - 2017/07/04 (火) 14:41:57 - 接着細胞の形状解析
はじめまして、現在修士1年です。

　接着細胞への遺伝子導入とその後の形状変化を画像解析をしようとしています。

　ただ、細胞がディッシュ上で高密度にくっついていて、一細胞ごとの領域を手で囲っていくのが大変です。サンプル数も多いです。また、「手で恣意的に囲ってるのでは？」などと言われてしまいなにか自動で解析できるソフトを探しています。

　ImageJで自動的に解析できる方法が無いか探してみましたが、二値化による領域抽出がうまくできず、細胞同士がくっついてしまいました。

明視野あるいは蛍光画像で接着細胞の形状解析がうまくできる方法やソフトなどは無いでしょうか。
　
- このトピックにメッセージを投稿する -



全7件 ( 1 〜 7 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用
No.6099-8 - 2017/07/06 (木) 18:39:25 - 接着細胞の形状解析
ema様

　機器とソフトの紹介有難うございます。

　機器の購入はちょっとむずかしそうに思います。

　ソフトはみたところ、
ソフトはちょっと他の人に導入できないか聞いてみます。

　それから、フィルターを探していたところ、「Local properties based thresholding」という方法が適していそうでした。ImageJでは、Auto Local thresholdやAdaptive thresholdというプラグインでできそうなので、まずはそれを使ってみようと思います。


機械学習様が紹介してくださったページでexe（ソフト?)が配布されていましたが、これはMacでテストできないのでしょうか。

IncuCytezoom 削除/引用
No.6099-7 - 2017/07/05 (水) 13:49:38 - ema
＞分化に数日かかるので、低密度のとこの形態を解析する
明視野取得は位相差、蛍光がGreen Red2色で良ければIncuCytezoomだと長時間培養で取得ができます。

有償でよければ
TissueStadioなどの解析ソフトは存在します。

(無題) 削除/引用
No.6099-6 - 2017/07/04 (火) 17:46:45 - 接着細胞の形状解析
むむむ様

　回答ありがとうございます。
　やはり、染色するしないに関わらず、共焦点（コンフォーカル？）顕微鏡でとったほうがよいみたいですね。



　分化に数日かかるので、低密度のとこの形態を解析するのは難しそうな気がします。ちょっと調べてみましたが、接着細胞には発現していそうなので、もうちょっとしらべてみます。


機械学習様

画像を見てみました。明視野画像で抽出する方法があるのですね。ただ、プログラミングはやったことが無いので、難しそうです。

(無題) 削除/引用
No.6099-5 - 2017/07/04 (火) 17:29:03 - 機械学習
https://media.dmm-make.com/item/4255/

上記サイト先の画像のように、非染色の細胞画像でもなんとか細胞の領域抽出できる方法はあります。プログラミングを学ぶ必要はありますが。

(無題) 削除/引用
No.6099-3 - 2017/07/04 (火) 16:43:16 - 接着細胞の形状解析
おお様

　早速有難うございます。

　膜は蛍光試薬で染めたことがあるのですが、ぼやけてしまって分けられなかったという事情があります。ただ、コンフォーカル顕微鏡できれいに撮れるのであれば、どこかでつかえないか探してみます。

　画像のイメージとしては、下記の試薬サイトで染められたような接着細胞です。
https://www.aatbio.com/products/cell-navigator-cell-plasma-membrane-staining-kit-orange-fluorescence

(無題) 削除/引用
No.6099-2 - 2017/07/04 (火) 15:41:18 - おお
細胞膜やその周辺にあるタンパク質とか染めるとうまくいくかもよ。ただ細胞膜は顕微鏡で見えるエッジだけではないので、物によってはコンフォーカルとかじゃないときれいに取れないかも。

接着細胞の形状解析 削除/引用
No.6099-1 - 2017/07/04 (火) 14:41:57 - 接着細胞の形状解析
はじめまして、現在修士1年です。

　接着細胞への遺伝子導入とその後の形状変化を画像解析をしようとしています。

　ただ、細胞がディッシュ上で高密度にくっついていて、一細胞ごとの領域を手で囲っていくのが大変です。サンプル数も多いです。また、「手で恣意的に囲ってるのでは？」などと言われてしまいなにか自動で解析できるソフトを探しています。

　ImageJで自動的に解析できる方法が無いか探してみましたが、二値化による領域抽出がうまくできず、細胞同士がくっついてしまいました。

明視野あるいは蛍光画像で接着細胞の形状解析がうまくできる方法やソフトなどは無いでしょうか。
全7件 ( 1 〜 7 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール  　アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます）
上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません）
解決（問題が解決した際にチェックしてください）
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 
〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。