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ありがとうございます 削除/引用 No.6092-5 - 2017/07/04 (火) 10:19:56 - ドラフト 自動的に設計してくれるソフトはないんですね… 16Sでプライマーを設計してみたのですが、うまく当てはまるものがありませんでした。 ドラフトゲノムの情報を他の菌株の配列と比較して特異的な領域を地道に探すしか他になさそうですね。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.6092-4 - 2017/07/03 (月) 14:28:55 - mon ドラフトゲノムから種特異的配列を（自動的に）探す具体的方法は、申し訳ないけど知りません。 種同定なら、16S rRNA 遺伝子配列や5.8S rRNA（の介在配列(ITS)）が汎用されます。gyrA遺伝子配列も使われるときもあるようです。ただし配列確認かマイクロアレイが必要かな。 生存に必須でなさそうな遺伝子なら他種とくらべ変異が多く特異primerが設計しやすいかも。 これらの領域に運良く特異primerが設計できれば、Universal Primerで増幅>それを鋳型に特異primerでNasted PCRの増幅の有無で目的バクテリア(DNA)の有無判定、あるいはリアルタイムPCRで判定かな。

(無題) 削除/引用 No.6092-3 - 2017/07/03 (月) 08:24:18 - ドラフト すみません、株じゃありません。 種のレベルです。 Mauveなどが使えるのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.6092-2 - 2017/07/02 (日) 13:38:04 - mon 種ではなく株を区別したいのでしょうか？

ドラフトゲノムからのプライマー作成 削除/引用 No.6092-1 - 2017/07/02 (日) 12:39:22 - ドラフト 大学院M１生です。 ある微生物株のドラフトゲノムを読みました（３Mbほど）。 環境からその株の検出系を作るので、そのドラフトゲノムをもとにプライマーを設計することになりました。 しかしうちの研究室にはそのようなノウハウがありません。 Primer3を使ってみたのですが、コンティグ数が多いためプライマー作成には不向きでした。 海外のサイトにはいくつかアドバイスが合ったのですが、読んでみてもよくわかりませんでした。 適したソフト（できれば無料のもの）ややりかたがあれば教えて下さい。 よろしくお願いします。

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