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濃度の問題では？ 削除/引用 No.607-2 - 2012/06/06 (水) 10:11:27 - ~ あくまでバンドとなるのはその位置にDNAが多いからであって、 ゲルでの分離ではDNA断片はある程度広がっています。 DNAの濃度が十分に濃い場合、バンドとして見えている部分の前後にもDNA断片が存在します。 見えていない部分でも十分にDNA量があれば、切り出して再度泳動した場合にはバンドとなります。 >自分的にプラスミドに何かカラクリがあるのではと思って その1950bpのDNA断片に、cosサイトか同様の性質を持つDNA配列が含まれていれば、見ている結果に近い結果が得られるかもしれません。

アガロースXPの分離能について 削除/引用 No.607-1 - 2012/06/05 (火) 19:55:36 - 駆け出し初心者 コンストラクションの実験についてですが、 プラスミドを制限酵素で切断し、アガロースXPで固めたゲルに流して、 目的のバンドを切り出して、目的のDNA断片を精製するという流れですが、 あるプラスミドを二種類の制限酵素で切った後、2950bpと1950bpに分かれます。 1000bp分の差もありますので、アガロースXPゲルに流したところ、ギリギリまで流すと、二つのバンドの間の距離は1cm以上ありました。大丈夫だと判断し、1950bpのバンドを切り出して精製した後に、精製したDNA断片の収量を調べるために、アガロースSゲルの電気泳動で調べました。もちろん1950bpバンドは濃く出てきていましたが、なんと2950bpバンドもそれなりに濃く出てきていました。ゲルの切り出し間違いとか、精製中のコンタミの可能性はないと思います。1000bp差、1cm以上離れていたのに、なぜこのような現象が起きたのでしょうか？また、アガロースXPではなく、アガロースSからの精製の方法はありますか？ ちなみに、ほかのコンストラクションでは、1000差だとアガロースXPでちゃんと分離できました。つまり、自分的にプラスミドに何かカラクリがあるのではと思ってしまいます。

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