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接合型依存的な酵母growth phenotype トピック削除
No.604-TOPIC - 2012/06/05 (火) 11:18:41 - aα
とある代謝酵素の遺伝子が破壊された、yeast deletion project由来のパン酵母遺伝子破壊株を取り寄せ、YPAD完全培地で培養したところ、a型の増殖がα型より遅いことが分かりました。
個体培地、液体培地を問わず生育速度の差は明らかです。一方、親株だとa型とα型で目立った増殖速度の差は感じられません。目的遺伝子の破壊はa型、α型とも確認済みです。

何かの遺伝子破壊の影響が、vegetative growth rateにおいて、片方の接合型でだけ強く表れることはよくあることなのでしょうか。それとも、予期しない変異など何らかのトラブルが強く疑われ、バッククロスなどで対処すべきでしょうか。

皆様の知恵をお借りしたいと思います。よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.604-3 - 2012/06/07 (木) 11:19:54 - aα
弘法さま、アドバイスありがとうございます。
やはり、独立の変異が疑われるとのこと。バッククロスを試してみます。
当の遺伝子機能を調べることが目的ではないので、気乗りしない実験になりますが、ツールの整備も研究のうちですので仕方ありません。

(無題) 削除/引用
No.604-2 - 2012/06/05 (火) 19:54:34 - 弘法
接合型に依存して増殖速度が異なるようなケースがあり得ないとは言いませんが、この場合は当該遺伝子破壊以外に何らかの変異が一方(あるいは両方)にあることが原因であると思われます。

まずはバッククロスなどでその差異が再現するかどうかを確かめることをお勧めします。

また、deletion projectは大規模プロジェクトの常として、個々の破壊株のクオリティーコントロールは決して高くありません。

接合型依存的な酵母growth phenotype 削除/引用
No.604-1 - 2012/06/05 (火) 11:18:41 - aα
とある代謝酵素の遺伝子が破壊された、yeast deletion project由来のパン酵母遺伝子破壊株を取り寄せ、YPAD完全培地で培養したところ、a型の増殖がα型より遅いことが分かりました。
個体培地、液体培地を問わず生育速度の差は明らかです。一方、親株だとa型とα型で目立った増殖速度の差は感じられません。目的遺伝子の破壊はa型、α型とも確認済みです。

何かの遺伝子破壊の影響が、vegetative growth rateにおいて、片方の接合型でだけ強く表れることはよくあることなのでしょうか。それとも、予期しない変異など何らかのトラブルが強く疑われ、バッククロスなどで対処すべきでしょうか。

皆様の知恵をお借りしたいと思います。よろしくお願いします。

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