BioTechnicalフォーラム [バイオインフォマティクス分野で必要とされている開発]

バイオインフォマティクス分野で必要とされている開発

No.6036-TOPIC - 2017/06/08 (木) 20:48:33 - eiru

情報科の大学生です。
バイオインフォマティクス分野でシステムを開発したいと思っています。
プログラミング力はあるのですが、どういう開発ニーズがあるのかわからず何も作れません。。。
今、バイオインフォマティクス分野で必要とされている開発は何かあるのでしょうか？
　

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No.6036-8 - 2017/06/14 (水) 09:07:53 - CD

日本においてバイオインフォマティシャンの需要は非常に多いと思います。ビッグデータをウエットの研究者がググりながらなんとか解析しているのが現状だから。

自分を含めNGSのデータとかを解析しているウエット研究者でも、今の解析手法のどこが問題か、何を改善するとより良いかまでは頭が回っていないと思います。なので完全ウエットの研究者よりもウエットからドライに移った人たちに話を聞くと何が現状の問題点か、何が必要とされているかが見えると思います。

この分野で解説書を出している人や、産総研が主催しているセミナーなどで講師をしている人の大半は昔ウエット、今ドライみたいな人だという印象ですので探してみてはいかがでしょうか。

がんばってください。

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No.6036-7 - 2017/06/14 (水) 00:56:27 - AA

今月はBiotechなんかもありますがどうなんでしょうね

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No.6036-6 - 2017/06/13 (火) 17:49:22 - mon

DataBaseではないですが、CBI学会も参考になるかも。
http://www.cbi-society.org

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No.6036-5 - 2017/06/13 (火) 13:03:48 - おお

ニーズは調査すればいろいろと出てくると思います。文献、学会調査など。ただOn goingなものをやってもとも思いますけど、確かにそういうところで力を発揮される人もいるのかな。

個人的なニーズというか興味は今までにないアプローチです。文献など調査してこれをバイオインフォーマティックな方へ拡大していけば面白いだろうとかそういう視点も持ってほしいような気がします。

原点に変えるなら、やはり生物がわかるという視点で細胞、動物に何をしたら何が起こるかアウトプットが幅広くわかるということです。大昔は酵素の特性、代謝物質の量を一つずつ設定与えていって何が起こるかOut Putをえるとかしたりというのもありましたが、なかなかそれで生物を説明できるというところまで達しません。じゃあ何をするといいのでしょうかというところで知恵を出すといいのかもしれません。

また、今の知っている情報をあらゆる限り使うことで、何らかの予想ができます。この予想が現実では起こらないとか、外れているというのをうまく利用すると新しい必要なファクターを見つけることができるような気がします。漠然としてますが、そういうのが新しい発見につながる画期的なツールなのかなと。

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No.6036-4 - 2017/06/13 (火) 11:07:24 - eiru

橘さま
ありがとうございます。
医療系の学会　に関してですが、何かよい学会
（どういう分野の人がデータ解析を必要としているのか）はありますか？
また、ただの大学生が共同研究を申し込めるのでしょうか...？

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No.6036-3 - 2017/06/12 (月) 22:39:21 - 橘

とりあえず、生物学系で興味のある分野の大きめの学会に参加して、共同研究者を探すところから始めてみたらいいんじゃないですかね。
アイディアはあるけどプログラミングスキルがない、という生物学者はかなりいると思います。
私も頻繁に「データ解析ができる・プログラムが書けるポスドク雇いたいんだけどいい人いませんか」と訊かれます。
1ヶ月前だったらNGS現場の会をおすすめしていたところなんですが、先日終わってしまいました。
時期が近いものだと、あまり大きくはないですが8月に京都で進化学会があります。
研究資金に困らない、という点では医療系の学会の方がいいかもしれません。

ただ、あまりに生物学をわかってない人は、生物学的にありえない仮定を計算を簡単にするためにうっかり導入してしまって、共同研究者は理解不能でそれに気づけない、といったことが起こるので注意しましょう。
まずは既存のプログラムやデータベースの使用方法を書いてある書籍やWebサイトを読んで、既存のプログラムが何をやっているか学ばれてはどうでしょうか。

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No.6036-2 - 2017/06/08 (木) 22:51:17 - WInter-8

すぐに思いつくようなことはすでに開発されているんだけど、
そこから新しい発想が出てくるかもしれないので書きます。

例えば、タンパク質の配列があります（例として鶏の卵のリゾチームの配列）。
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINS
RWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDV
QAWIRGCRL
このアルファベット１つ１つがタンパク質を構成するアミノ酸を示しています。
これだけのデータから、何が計算できますか？

一番簡単なのは分子量です。
アミノ酸１つ１つの分子量がわかっているので、それを足していけば良いです（厳密にはペプチド結合による差分を考慮する必要があります）。

次に等電点（pI）です。
アミノ酸が電荷をもっているので、そこからタンパク質の等電点が計算できます。

さらにレベルが上がると、二次構造です。
どの部分がどのような構造（ヘリックスと呼ばれるらせん構造やシートとよばれる板状構造など）をとっているかが予想できます。

さらにレベルが上がると、三次元でどのような構造をとっているかということも計算できます。

タンパク質の分野ではこのようなプログラム開発がなされています。
ここで例に挙げたものはサーバー上で利用できるようになっています。
分子量と等電点のプログラム　web.expasy.org/compute_pi/
二次構造予測プログラム　www.compbio.dundee.ac.uk/jpred/
三次構造はまだ信頼性の高いものは少ないですが。ここで例にあげたリゾチーム程度のタンパク質であれば、かなり正確な立体構造が得られています。

参考になりましたでしょうか？

バイオインフォマティクス分野で必要とされている開発

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No.6036-1 - 2017/06/08 (木) 20:48:33 - eiru

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