Bio Technical フォーラム

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Mascot Generic Format (MGF) 形式のピークリスト トピック削除
No.6034-TOPIC - 2017/06/08 (木) 19:41:40 - TE
プロテオミクスに詳しい先生方、どうかご教授ください。
現在、あるタンパク質と相互作用するタンパク質を同定する実験を行っております。

外注でLC/TOF/MSの解析をお願いしたところ、ペプチドのピークは得られたものの、分子量が小さすぎて同定することができないと返事をもらいました。

ペプチドの分子量のリストをいただき、DeNovoGUIというsoftwareを用いてde novo sequencingを行おうと考えております。

しかしながら、このsoftwareに使えるピークリストはMGF形式のピークリストにしか対応していないとのことでした。

ここで質問なのですが、MGF形式のピークリストとはどのようなフォーマットなのでしょうか。またMGF形式に変換するアプリケーションはないのでしょうか。

どうかご教授のほどよろしくお願い申し上げます。
 
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(無題) 削除/引用
No.6034-3 - 2017/06/12 (月) 07:10:31 - TE
> qqさん
ありがとうございます。
リンク先で調べてみます。

(無題) 削除/引用
No.6034-2 - 2017/06/09 (金) 14:15:56 - qq
mascotのことは、MAtrix SCienceに聞けという感じ

www.matrixscience.com/help/data_file_help.html

Mascot Generic Format (MGF) 形式のピークリスト 削除/引用
No.6034-1 - 2017/06/08 (木) 19:41:40 - TE
プロテオミクスに詳しい先生方、どうかご教授ください。
現在、あるタンパク質と相互作用するタンパク質を同定する実験を行っております。

外注でLC/TOF/MSの解析をお願いしたところ、ペプチドのピークは得られたものの、分子量が小さすぎて同定することができないと返事をもらいました。

ペプチドの分子量のリストをいただき、DeNovoGUIというsoftwareを用いてde novo sequencingを行おうと考えております。

しかしながら、このsoftwareに使えるピークリストはMGF形式のピークリストにしか対応していないとのことでした。

ここで質問なのですが、MGF形式のピークリストとはどのようなフォーマットなのでしょうか。またMGF形式に変換するアプリケーションはないのでしょうか。

どうかご教授のほどよろしくお願い申し上げます。

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