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(無題) 削除/引用 No.602-2 - 2012/06/05 (火) 00:16:34 - nnn >その遺伝子（A）の配列が既知の生物を数種類検索し、 >アライメントを行い、相同性が高い所にてプライマーを設計して、 >配列が不明な組織から抽出したtotal RNAに対してRT-PCRをかける作業を行っています。 そのPCR産物をクローニングして、シークエンスを確認すれば、 発現が有るだろうとは分かると思います。 次に、半定量PCR、もしくはリアルタイムPCRでの定量を行うために 最適なプライマーを設計したい場合は、 最初のPCR産物のプライマー部分の配列以外は、 確実に目的の組織の配列なので、 その配列の内で、(半)定量PCR用のプライマーを設計するか、 3'RACE、5'RACE用にプライマーを設計して、 RACEを行い全長配列を読めばいいと思います。 まあ未知な配列なら、普通RACEをしたくなると思います。

配列が不明なモノをsequenceで確認するには？ 削除/引用 No.602-1 - 2012/06/04 (月) 23:06:21 - aiko いつもお世話になっています。 実験にてある遺伝子（A）の発現をRT-PCRにて確認しようと行っています。 しかし実験を行うために扱っている組織を採取してきた生物における遺伝子（A）の配列が不明なため、プライマーが作れずにいます。 今までの戦略としては、遺伝子（A）が他の生物と相同性があると仮定し、その遺伝子（A）の配列が既知の生物を数種類検索し、アライメントを行い、相同性が高い所にてプライマーを設計して、配列が不明な組織から抽出したtotal RNAに対してRT-PCRをかける作業を行っています。 この戦略以外に配列が不明な遺伝子のプライマーを設計することはできないでしょうか？

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