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(無題) 削除/引用 No.5968-4 - 2017/05/15 (月) 17:34:19 - 橘 年代制約を入れる操作は塩基もアミノ酸も同じです。 塩基とアミノ酸の違いは、Sitesモデルが違うだけですよ。 残念ながら当てはめられるモデルが少ない(しかもBEAST2で減っている)のですけど。 気になるならMCMCTREEの方を使えばいいのでは。 日本語での解説もMCMCTREEの方が多いですね。 主な違いは、BEASTでは系統樹の樹形の推定と同時推定が可能なことと、MCMCTREEは近似尤度計算に対応していて速いことでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.5968-3 - 2017/05/14 (日) 20:15:50 - DNX ありがとうございます。 タンパク質のケースの設定が論文で調べてもいまいちよくわからないのですが、 何かいいサイトや情報はないでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.5968-2 - 2017/05/13 (土) 02:24:48 - 橘 2.xなら、下記PDFを読みましょう。 https://github.com/CompEvol/beast2/blob/master/doc/tutorials/DivergenceDating/DivergenceDatingTutorialv2.0.3.pdf 1.8.4なら、下記が最も単純な説明でしょう。 https://groups.google.com/forum/#!topic/beast-users/IBJgH2mojZo では。

Beastの使用法 削除/引用 No.5968-1 - 2017/05/11 (木) 06:59:18 - DNX Beastを用いてmolecular phylogenyを作成しています。 全て現存している生物を扱っています。 化石の情報からある一つの分岐年代が140-160MYAということがわかっているのですが、 このケースにおいて、Beautiをどう入力したらいいか悩んでいます。 御存じの方はいらっしゃいますでしょうか？

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