Bio Technical フォーラム

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バンド トピック削除
No.5930-TOPIC - 2017/04/22 (土) 00:41:16 - PCR
PCRに関することで一つ質問があります。

PCRは一つのバンドで上手くいったのですが、その後の精製でバンドが複数(二つ)になりました。
原因として考えているのが2種類のPCR産物の精製を同時に行っていたので、混ざってしまった可能性があります。(気をつけるよう意識してたので多分ないと思うのですが...)

後日、別々に精製を行ってみることにはしていますが、混入以外の原因に関しては検索にヒットせずまた、トラブルシューティング(kit)には載ってませんでした。
精製の際にQIAquick spin kitを使用しています。

混入以外の原因に関して心当たりある方どうかご教授ください
 
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(無題) 削除/引用
No.5930-6 - 2017/04/22 (土) 12:39:49 - AP
キアゲンのトラブルシューティングガイドに
Additional fragments in eluate
という項目があります。
https://www.qiagen.com/jp/support/troubleshooting/#&&QuestionID=33252be0-ecbe-4920-8893-ec3d73911815&IsOTG=False
そこをたどっていくとこういう回答になります。
https://www.qiagen.com/jp/support/troubleshooting/#&&AnswerID=6b2a83e1-16f7-4dd8-af30-af278516a581&IsOTG=False

(無題) 削除/引用
No.5930-5 - 2017/04/22 (土) 10:09:08 - AP
余計なバンドは一本鎖特異的に分解する酵素で消えるんじゃないか?

(無題) 削除/引用
No.5930-4 - 2017/04/22 (土) 10:07:39 - AP
まれに精製、溶出の過程で一本鎖に解離したssDNAが生じることがあるようです。
余計なバンドはそういうssDNA由来では。

あまり詳しくは書いていないけれどトラブルシューティングにも出ているし、ネットで検索してみてもそういう情報の書き込みが見つかると思います。溶出液にNaClを加えるとか、ssDNAをアニールさせる操作(加熱後、徐々に冷ます)とかが出ています。

(無題) 削除/引用
No.5930-3 - 2017/04/22 (土) 09:22:51 - おお
構造的に何か違いができてバンドが複数になることはたまにあるようです。なんかそういうゴーストみたいなのを追いかけて泥沼にハマってしまうという話もたまに聞きます。

(無題) 削除/引用
No.5930-2 - 2017/04/22 (土) 08:10:24 - mon
バンドが複数と言うモノは、それぞれの(元の)バンドと同じサイズなのでしょうか?
PCR産物に(逆位)反復配列が含まれる場合に、十字構造をとり泳動で2本のバンドに見えることもあるようですが。。。
バンドが複数になったものを1000〜10000倍程度希釈して、もう一度(それぞれのprimer pairで)PCRしてみれば?もし(それぞれで)1本のバンドが得られれば、精製過程で混雑したのだと思いますよ。

バンド 削除/引用
No.5930-1 - 2017/04/22 (土) 00:41:16 - PCR
PCRに関することで一つ質問があります。

PCRは一つのバンドで上手くいったのですが、その後の精製でバンドが複数(二つ)になりました。
原因として考えているのが2種類のPCR産物の精製を同時に行っていたので、混ざってしまった可能性があります。(気をつけるよう意識してたので多分ないと思うのですが...)

後日、別々に精製を行ってみることにはしていますが、混入以外の原因に関しては検索にヒットせずまた、トラブルシューティング(kit)には載ってませんでした。
精製の際にQIAquick spin kitを使用しています。

混入以外の原因に関して心当たりある方どうかご教授ください

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