Bio Technical フォーラム

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ELISAの解析をRで行うが、表が表示されない トピック削除
No.5923-TOPIC - 2017/04/21 (金) 07:09:05 - こば
ELISAで検量線の吸光度から試料の濃度をRを使って求めたいです。96 wellsの左2列を検量線の列とし、2列ずつ縦方向に試料を入れました。これをテキスト（タブ区切り）として保存し、Rで読み込みます。すると下記（分けて記載します）のように6行目までしか表示されず、吐き出される結果も6行しか表示されません。しかし、計算自体は96 wellsの全てを読み込んでいるようで、表示だけがおかしくなっています。これでは計算結果がわかりません。どなたか解決方法を教えていただけますでしょうか。ちなみに、Rはそれほど詳しくないので、解決策のスクリプトの詳細も記載していただけると助かります。宜しくお願いします。

> library(drc)
要求されたパッケージ MASS をロード中です

'drc' has been loaded.

Please cite R and 'drc' if used for a publication,
for references type 'citation()' and 'citation('drc')'.


次のパッケージを付け加えます: ‘drc’

The following objects are masked from ‘package:stats’:

gaussian, getInitial

警告メッセージ:
パッケージ ‘drc’ はバージョン 3.4.0 の R の下で造られました
> library(ggplot2)
Find out what's changed in ggplot2 with
news(Version == "1.0.0", package = "ggplot2")
> library(reshape2)
>
>
> X =read.table("Book1.txt", sep = '\t', header = TRUE)
> head(X)
X1 X2 X3 X4 X5 X6 X7 X8 X9 X10 X11 X12
1 0.9324 0.9336 0.2808 0.2687 0.4402 0.4419 0.4682 0.4682 0.6406 0.6379 0.5189 0.5270
2 0.8577 0.8381 0.3158 0.3160 0.4550 0.4504 0.1769 0.1702 0.6805 0.6555 0.4735 0.5123
3 0.6447 0.6339 0.2190 0.2310 0.7963 0.7697 0.5783 0.5886 0.5299 0.5327 0.6142 0.6690
4 0.3987 0.4057 0.1891 0.1932 0.5592 0.5629 0.4805 0.4732 0.5179 0.4979 0.2384 0.2657
5 0.2288 0.2384 0.2236 0.2154 0.5094 0.5118 0.6234 0.6319 0.4776 0.4641 0.2501 0.2783
6 0.1340 0.1565 0.2721 0.2722 0.6720 0.6670 0.6897 0.7063 0.6585 0.6600 0.1852 0.2077
>
　
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(無題) 削除/引用
No.5923-9 - 2017/04/21 (金) 20:30:11 - ウェット研究者
小さな話だとは思うのですが……

Concentration <- as.numeric(c("1000","500","250","125","62.5","31.25","15.625","0"))
は
Concentration <- c(1000, 500, 250, 125, 62.5, 31.25, 15.625, 0)
の方が良いのではないでしょうか？

(無題) 解決済み 削除/引用
No.5923-8 - 2017/04/21 (金) 07:31:15 - こば
ありがとうございます！！本当に助かりました。基本中の基本が分かっていなくてお騒がせしました。ほんとうにありがとうございます！！

(無題) 削除/引用
No.5923-7 - 2017/04/21 (金) 07:28:11 - CD
ELISAの中身すべてが見たいならそのまま

>ELISA

と打てば全部表示されます。

タブ切りテキストで保存したいなら

>write.table(ELISA, file="elisa.txt", sep="\t", row.names=T, col.names=T)

でとりあえずエクセルで見られるようになると思います。

(無題) 削除/引用
No.5923-6 - 2017/04/21 (金) 07:22:23 - こば
>全部見たいなら変数をそのまま打ち込むか

どのようにいじれば良いのでしょうか。本当に素人ですみません。

(無題) 削除/引用
No.5923-5 - 2017/04/21 (金) 07:20:07 - こば
さらに続きです

Estimate Std. Error t-value p-value
b:(Intercept) -1.4325677 0.0629344 -22.7628783 0
c:(Intercept) 0.0676138 0.0070559 9.5825505 0
d:(Intercept) 1.0206477 0.0175031 58.3124948 0
e:(Intercept) 186.8606681 6.6307507 28.1809219 0

Residual standard error:

0.01215099 (12 degrees of freedom)
>
> coef(LL4)
b:(Intercept) c:(Intercept) d:(Intercept) e:(Intercept)
-1.43256774 0.06761381 1.02064766 186.86066811
> SP <- coef(LL4)[1]
> MIN <- coef(LL4)[2]
> MAX <- coef(LL4)[3]
> EC50 <- coef(LL4)[4]
>
> pl4 <- function(x){EC50*((MAX-x)/(x-MIN))^(1/SP)}
>
> Abs1 <- c(X[,3],X[,5],X[,7],X[,9],X[,11])
> Abs2 <- c(X[,4],X[,6],X[,8],X[,10],X[,12])
>
> Conc1 <- pl4(Abs1)
> Conc2 <- pl4(Abs2)
>
> Conc <- cbind(Conc1,Conc2)
> Mean <- apply(Conc,1,mean)
>
> Number <- 1:40
> ELISA <- as.data.frame(cbind(Number,Abs1,Abs2,Conc1,Conc2,Mean))
> colnames(ELISA) <- c("Number","Absorbance1","Absorbance2","Concentration1","Concentration2","Mean")
> head(ELISA)
Number Absorbance1 Absorbance2 Concentration1 Concentration2 Mean
1 1 0.2808 0.2687 78.39798 74.41709 76.40753
2 2 0.3158 0.3160 90.17388 90.24247 90.20817
3 3 0.2190 0.2310 58.37184 62.21590 60.29387
4 4 0.1891 0.1932 48.79743 50.11385 49.45564
5 5 0.2236 0.2154 59.84426 57.22012 58.53219
6 6 0.2721 0.2722 75.53175 75.56458 75.54816
>

(無題) 削除/引用
No.5923-4 - 2017/04/21 (金) 07:19:03 - こば
ありがとうございます。それを使用と思ったのですが、上手くファイルで吐き出せませんでした。素人なので、詳しく教えていただけますか？

(無題) 削除/引用
No.5923-3 - 2017/04/21 (金) 07:17:14 - こば
続きです

> Std1 <-X[,1:2]
> Concentration <- as.numeric(c("1000","500","250","125","62.5","31.25","15.625","0"))
> Std2 <- cbind(Concentration,Std1)
> Std3 <- melt(Std2,id.vars="Concentration",variable.name="variable",value.name="Absorbance",na.rm=FALSE, factorsAsStrings=TRUE)
> Std <- Std3[,-2]
> Std
Concentration Absorbance
1 1000.000 0.9324
2 500.000 0.8577
3 250.000 0.6447
4 125.000 0.3987
5 62.500 0.2288
6 31.250 0.1340
7 15.625 0.0942
8 0.000 0.0564
9 1000.000 0.9336
10 500.000 0.8381
11 250.000 0.6339
12 125.000 0.4057
13 62.500 0.2384
14 31.250 0.1565
15 15.625 0.1035
16 0.000 0.0581
>
> plot(Absorbance~Concentration,Std,log="x",col="black",pch=19) #.X軸を対数表示に
>
>
> LL4 <- drm(Absorbance~Concentration,
+ data=Std,
+ fct=LL.4())
>
> plot(LL4, type="all",col="red",pch=19)
>
> summary(LL4)

Model fitted: Log-logistic (ED50 as parameter) (4 parms)

Parameter estimates:

(無題) 削除/引用
No.5923-2 - 2017/04/21 (金) 07:13:27 - CD
headは最初の6行だけ参照するというコマンドですので何もおかしくはありません。
結果もheadで参照したのでは？
全部見たいなら変数をそのまま打ち込むか、テキストファイルに書き出せば良いのです。

ELISAの解析をRで行うが、表が表示されない 削除/引用
No.5923-1 - 2017/04/21 (金) 07:09:05 - こば
ELISAで検量線の吸光度から試料の濃度をRを使って求めたいです。96 wellsの左2列を検量線の列とし、2列ずつ縦方向に試料を入れました。これをテキスト（タブ区切り）として保存し、Rで読み込みます。すると下記（分けて記載します）のように6行目までしか表示されず、吐き出される結果も6行しか表示されません。しかし、計算自体は96 wellsの全てを読み込んでいるようで、表示だけがおかしくなっています。これでは計算結果がわかりません。どなたか解決方法を教えていただけますでしょうか。ちなみに、Rはそれほど詳しくないので、解決策のスクリプトの詳細も記載していただけると助かります。宜しくお願いします。

> library(drc)
要求されたパッケージ MASS をロード中です

'drc' has been loaded.

Please cite R and 'drc' if used for a publication,
for references type 'citation()' and 'citation('drc')'.


次のパッケージを付け加えます: ‘drc’

The following objects are masked from ‘package:stats’:

gaussian, getInitial

警告メッセージ:
パッケージ ‘drc’ はバージョン 3.4.0 の R の下で造られました
> library(ggplot2)
Find out what's changed in ggplot2 with
news(Version == "1.0.0", package = "ggplot2")
> library(reshape2)
>
>
> X =read.table("Book1.txt", sep = '\t', header = TRUE)
> head(X)
X1 X2 X3 X4 X5 X6 X7 X8 X9 X10 X11 X12
1 0.9324 0.9336 0.2808 0.2687 0.4402 0.4419 0.4682 0.4682 0.6406 0.6379 0.5189 0.5270
2 0.8577 0.8381 0.3158 0.3160 0.4550 0.4504 0.1769 0.1702 0.6805 0.6555 0.4735 0.5123
3 0.6447 0.6339 0.2190 0.2310 0.7963 0.7697 0.5783 0.5886 0.5299 0.5327 0.6142 0.6690
4 0.3987 0.4057 0.1891 0.1932 0.5592 0.5629 0.4805 0.4732 0.5179 0.4979 0.2384 0.2657
5 0.2288 0.2384 0.2236 0.2154 0.5094 0.5118 0.6234 0.6319 0.4776 0.4641 0.2501 0.2783
6 0.1340 0.1565 0.2721 0.2722 0.6720 0.6670 0.6897 0.7063 0.6585 0.6600 0.1852 0.2077
>
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