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qPCRの標準誤差算出について。 トピック削除
No.5912-TOPIC - 2017/04/16 (日) 12:18:09 - PCR
大変初歩的な質問ですが、確認をさせてください。

現在、ある培養細胞を化合物で刺激後、数時間おきに回収し、目的の遺伝子の発現をqRTーPCRにて解析をしています。qRTーPCR自体は1-well/sampleでrunしています。

その日のうちに結果の解析を進め、同様の実験を更に2度繰り返しました。(独立した3つの同実験)

標準偏差(STDEV)の算出は、エクセルを使用しています。
この時、論文にするためのグラフのエラーバーは標準誤差 (SE) にした方がいいとのアドバイスをいただきました。私の理解が正しければ、SE = STDEV/1.7320508 で計算をすればいいのでしょうか?

もしかしたらエクセルで直接的に標準誤差を算出できるのかもしれませんが、標準偏差が出ていれば、√3で標準偏差を割ればいいのかなと思っています。当然エラーバーは標準偏差に比べ小さくなりました。

大変初歩的な質問で恐縮ですが、確認させていただけますと幸いです。宜しく御願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.5912-3 - 2017/04/16 (日) 16:57:40 - AP
エクセルの関数で計算される標準偏差や標準誤差は、記述統計でつかわれる自由度をnとする式なので、少サンプルから母集団統計量を推測する、推測統計の場合は使わないほうがいいと私は思っている。推測統計では自由度はn-1とするよね。
サンプル数が少ない時この差は大きくて、n=3のとき自由度が3か2かでは結果が大きく違う。エクセル使うなら自分で式を書いたほうがいいんじゃないか。

標準偏差はサンプルのばらつき具合を示す数値で、標準誤差はバラつきのあるサンプルから推定した母集団平均の信頼区間を推し量る値で、意味がぜんぜん違う。だからどちらをエラーバーに示すかは、なにを示そうとしているのかという意図で選ぶべきで、
>この時、論文にするためのグラフのエラーバーは標準誤差 (SE) にした方がいいと
いう雰囲気的なものではあるまい。

そもそも平均値など代表値を出すのはいいとして、n=3で計算される標準偏差や標準誤差にあまり意味が無い(ソフトウェアはそんなのお構い無く計算してくれるけど)。標本数が少ない時にはグラフにエラーバーをつけるんじゃなくて(付けてもいいけど)、個々の値をプロットして示すというのが最近のトレンド。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17420288

(無題) 削除/引用
No.5912-2 - 2017/04/16 (日) 14:02:50 - おお
SE(SEM)の計算方法はそれでいいです。統計ソフトはお持ちでありませんか?エクセルの統計関数はバグが有ると言われてましたので、、、ただこれくらいの計算で変なことは起こってないみたいですけど統計計算はエクセルでやるなと投稿規定に書いてある雑誌もあるとか、、、結構前の話だったと思いますが、最近のエクセルはSTDEVSとかちょっと関数のバリエーションが増えてまして、それを使ってないところをみると昔のやつを使っているなぁと。。。

qPCRの標準誤差算出について。 削除/引用
No.5912-1 - 2017/04/16 (日) 12:18:09 - PCR
大変初歩的な質問ですが、確認をさせてください。

現在、ある培養細胞を化合物で刺激後、数時間おきに回収し、目的の遺伝子の発現をqRTーPCRにて解析をしています。qRTーPCR自体は1-well/sampleでrunしています。

その日のうちに結果の解析を進め、同様の実験を更に2度繰り返しました。(独立した3つの同実験)

標準偏差(STDEV)の算出は、エクセルを使用しています。
この時、論文にするためのグラフのエラーバーは標準誤差 (SE) にした方がいいとのアドバイスをいただきました。私の理解が正しければ、SE = STDEV/1.7320508 で計算をすればいいのでしょうか?

もしかしたらエクセルで直接的に標準誤差を算出できるのかもしれませんが、標準偏差が出ていれば、√3で標準偏差を割ればいいのかなと思っています。当然エラーバーは標準偏差に比べ小さくなりました。

大変初歩的な質問で恐縮ですが、確認させていただけますと幸いです。宜しく御願い致します。

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