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(無題) 削除/引用 No.5911-2 - 2017/04/19 (水) 10:33:08 - 橘 プロポーショナルフォントのせいでズレてる場合は、固定ピッチフォントのソフトにコピペして見てください。 以下のような有根系統樹がある状況を考える。 ┌───種Ａ │ ┤┌──種Ｂ ││ └┤┌─種Ｃ 　└┤ 　　└─種Ｄ これを無根化した無根系統樹を考えると以下のようになる。 種Ａ─┐　↓　┌─種Ｃ 　　　├───┤ 種Ｂ─┘　　　└─種Ｄ ブートストラップ値は、(種Ａ,種Ｂ)と(種Ｃ,種Ｄ)間の「内分枝」(矢印で示した場所)にのみ付く。 ブートストラップ値は「複数のOTUの集まり」(というか、OTU群を2群に分ける分け方)の再現率なので、単独のOTUの直上の枝である外分枝には付けようがない(外分枝は常に100%再現される)。 最初の有根系統樹において、無根系統樹上でも「内分枝」になっている内分枝はどれなのか考えてみればよい。 また、ブートストラップ値は「分岐」の再現率だというのはよくある勘違いである。 作図の際に、よく分岐のそばに数値が配置されているために起きる勘違いだが(たぶん)、実際にはブートストラップ値は「複数のOTUの集まり＝内分枝」の再現率なので、分岐にブートストラップ値を付けること自体が間違っている。 本来は内分枝の上に描画すべき。 というわけで、分岐のそばにブートストラップ値を配置した図を作成してきた先人たちが悪い。 なお、この疑問はいわゆる「よくある質問」で、系統樹推定プログラムのサポートフォーラムを見ているとしばしばある。

系統樹のbootstrap 削除/引用 No.5911-1 - 2017/04/16 (日) 00:12:13 - しんや 系統樹のbootstrapをrerootすると 1個目の分岐と2個めの分岐にはbootstrapが表示されないのですが、 これは正しいのでしょうか？

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