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Primerのことで質問
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No.5883-TOPIC - 2017/04/05 (水) 15:04:52 - 教えて下さい
PCRのことでの質問です。Hetero KO miceのゲノムDNAをテンプレートにして、Primer を3種類(F1種類、R2種類)入れて、ある遺伝子の変異型と野生型を同時に増幅しても大丈夫ですか?どのprimerもTmは同じくらいで、PCR条件は両遺伝子ともに同じようなものなのですが。いままで別々のほうがいいと言われて別々にやってたのですが、通常のPCRの時と比べて何か気をつける事ありますか。
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No.5883-6 - 2017/04/10 (月) 17:28:57 - 猫の日
プライマーがよければ問題なくできると思います。
ただ、同時に行ったときだけKOのバンドが出にくくなったことがありました。
いいサーマルサイクラーを使っていた時は気付きませんでしたが、
やや旧式の機械を使うとチューブを入れる位置によってKOのバンドがこっそり消えるという。
最初の検討はしっかりされた方がいいと思います。
(無題)
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No.5883-5 - 2017/04/06 (木) 14:26:27 - おお
理論上は大丈夫ですが、プラクティカルにはうまくいくこともあればそうでないこともあるから、それぞれのペアー単独と3つのプライマーを混ぜたものを同時にPCRして系が働くかどうか確認しながらすすめたほうがいいと思います
(無題)
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No.5883-4 - 2017/04/05 (水) 19:13:30 - 教えて下さい
ご回答下さった皆様ありがとうござました。いだだいたsuggestionをもとに検討いたします。
(無題)
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No.5883-3 - 2017/04/05 (水) 17:44:40 - yuki
非特異的な増幅を避ける為にホットスタートにしたほうがいいかも
(無題)
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No.5883-2 - 2017/04/05 (水) 15:13:35 - 0
大丈夫ですよ。
ただし、
・できた増幅物の大きさは異なり、それをしっかりと分離できる条件が整っている
・primer同士ががっちり噛み合って解けなくなってしまう、ということが無い
この2つは最低限越えておかなければ使えません
genotypeが既に明らかになっているマウス由来のサンプルで実際に試してみて、
正しい結果が得られるようだったら行けると思います。
Primerのことで質問
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No.5883-1 - 2017/04/05 (水) 15:04:52 - 教えて下さい
PCRのことでの質問です。Hetero KO miceのゲノムDNAをテンプレートにして、Primer を3種類(F1種類、R2種類)入れて、ある遺伝子の変異型と野生型を同時に増幅しても大丈夫ですか?どのprimerもTmは同じくらいで、PCR条件は両遺伝子ともに同じようなものなのですが。いままで別々のほうがいいと言われて別々にやってたのですが、通常のPCRの時と比べて何か気をつける事ありますか。
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