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(無題) 削除/引用 No.5840-8 - 2017/03/18 (土) 08:27:19 - sera >[Re:5] APさんは書きました : > >糖やタンパク質などの残渣が多いため、種子からウイルスのRNAの抽出は出来ないのでしょうか > > RT-PCRで増えないことと、抽出ができないこと、夾雑物が多いことに、短絡的な因果関係をつけないほうがいいと思うよ。 > 残滓が多い→RNAの抽出ができない　という論理はギャップが大きすぎてフォローできない。 > > まあ、夾雑物が多いというのは収量より反応効率に影響が大きいだろうし、植物にはよくありがちなことらしいし、RNAが取れてないというより反応阻害物質があやしいと思う。 【APさん】 ご指摘ありがとうございます。 PCR反応阻害物質を考慮し、抽出プロトコルを見直してみます。

(無題) 削除/引用 No.5840-7 - 2017/03/18 (土) 08:20:09 - sera >[Re:4] おおさんは書きました : > 2.4 RNA Extraction, first strand synthesis and qPCR of seed samples > https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3774540/ 【おおさん】 文献のご紹介ありがとうございます。 是非参考にさせていただきます。

(無題) 削除/引用 No.5840-6 - 2017/03/16 (木) 20:04:53 - 植物 カボチャRNA由来のアクチンなどの遺伝子は増えましたか？ 種から抽出した核酸は油・タンパク質・ポリフェノールなどが多く含まれ、非常にPCRがかかりにくいです。 昔ながらのSTE bufferにPVPを添加したり、Proteinase K処理したりはどうでしょう？

(無題) 削除/引用 No.5840-5 - 2017/03/16 (木) 18:51:46 - AP >糖やタンパク質などの残渣が多いため、種子からウイルスのRNAの抽出は出来ないのでしょうか RT-PCRで増えないことと、抽出ができないこと、夾雑物が多いことに、短絡的な因果関係をつけないほうがいいと思うよ。 残滓が多い→RNAの抽出ができない　という論理はギャップが大きすぎてフォローできない。 まあ、夾雑物が多いというのは収量より反応効率に影響が大きいだろうし、植物にはよくありがちなことらしいし、RNAが取れてないというより反応阻害物質があやしいと思う。

(無題) 削除/引用 No.5840-4 - 2017/03/16 (木) 18:35:13 - おお 2.4 RNA Extraction, first strand synthesis and qPCR of seed samples https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3774540/

(無題) 削除/引用 No.5840-3 - 2017/03/16 (木) 18:29:32 - おお 種からRNAとってるみたいだけど。。。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4595981/

(無題) 削除/引用 No.5840-2 - 2017/03/16 (木) 17:51:22 - AP 植物屋でもないし種子からのRNA抽出なんてやったことないですけど、 植物材料はいろいろ障害となるものがあると聞いています。 例えば、多糖類が多いのでRNAと共精製されてくるとか、 ポリフェノールなど阻害性物質を多く含むのでPCR反応を阻害するとか。 それを防ぐためのテクニックについてはいろいろ報告があります。 逆に、書き込みを読む限り、植物相手なのに何の改変もしないでストレートに精製、RT-PCRをされているようで、分野外ではありますがそれでいいの？　と思ってしまいました。 IsogenなどAGPC法のばあい、水層を普通にアルコール沈殿すると多糖類が共沈してしまいます。それを防ぐためクエン酸を含む「RNA precipitation solution」を加え、その分アルコールを減らして沈殿を行う改変法が採用されています。説明書にものっているはずです。 ポリフェノールについては、PVAの添加なんかがよく知られていると思います。 詳しくはPCR polyphenol plant などで検索したらいいと思います。

植物種子から植物ウイルスRNA抽出法 削除/引用 No.5840-1 - 2017/03/16 (木) 15:27:23 - sera 植物ウイルスのRNAを扱われている方に質問です。 磨砕したウイルス汚染種子からRNAを抽出し、RT-PCRを行いましたが、バンドが出ません。 ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ ●検体：カボチャ種子 ●RNA抽出とRT-PCRで使用したキット 　　ISOGEN（ﾆｯﾎﾟﾝｼﾞｰﾝ） 　　AccessQuick™ RT-PCR System（ﾌﾟﾛﾒｶﾞ） ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ 別の検査を試した結果 ELISAで種子がウイルスに感染していることは確認でき、また、葉茎からウイルスのRNA抽出もできました。 糖やタンパク質などの残渣が多いため、種子からウイルスのRNAの抽出は出来ないのでしょうか。 種子からRNA抽出について詳しい方がいらっしゃいましたら、ご意見よろしくお願いいたします

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