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スプライシングバリアント？ トピック削除
No.5803-TOPIC - 2017/03/03 (金) 14:13:56 - kaji
RNA-seqを行い、de novoでアッセンブルして得られた２つのコンティグ（AとB）が
1つのエクソンを共通にして（100%一致）、残りが全く相同性がない配列でした。
whole genome shotgunのde novoアッセンブルからはAとBの１つのエクソン（共通でない）が同一のscaffold上に見つかっています。
全遺伝子そのものが60 kbp以上ある巨大な遺伝子なので、各エクソンがバラバラのscaffoldになっていてdryからでは２つのcontigが同一遺伝子から転写されたものなのか（スプライシングバリアント）、別遺伝子なのかが見分けがつかない状態です。
どのような方法でこのことが立証できるでしょうか？
Aは5つ、Bは３つのエクソンからできているようです。
　
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(無題) 削除/引用
No.5803-10 - 2018/07/06 (金) 22:02:19 - xyz
>例えばイントロン1が1kbpあるとしたら途中にある100bp）がスプライシングされずに残る

その100bpの両外側の配列がスプライシングされて、100bp自体は残っていると考えましょう。

イントロン1kb ではなく、
イントロン300bp - エキソン100bp - イントロン600bp となるわけです。

(無題) 削除/引用
No.5803-8 - 2017/03/07 (火) 11:43:16 - おお
http://www.mimg.ucla.edu/faculty/xing/MADSplus/cassette.html
この図のExon２みたいなのですよね。。。

(無題) 削除/引用
No.5803-7 - 2017/03/07 (火) 11:33:33 - kaji
alternative splicingの一部として考えれると思いますが、
intronの中の一部の配列（例えばイントロン1が1kbpあるとしたらその途中にある100bp）
がスプライシングされずに残るという現象は報告されているのでしょうか？

(無題) 削除/引用
No.5803-6 - 2017/03/06 (月) 17:19:51 - おお
>[Re:5] kajiさんは書きました :
> あるイントロンの一部分がエクソンになるような例はあるのでしょうか？
>

alternative splicingのことでしょうか？

(無題) 削除/引用
No.5803-5 - 2017/03/06 (月) 17:14:57 - kaji
あるイントロンの一部分がエクソンになるような例はあるのでしょうか？

(無題) 削除/引用
No.5803-4 - 2017/03/06 (月) 13:53:14 - mon
線虫だったかな？trans-splicingという現象もありますね。

ちなみにほ乳類の場合、全遺伝子そのものが100 kbp程度は「（普通〜)やや大きい」の遺伝子です。巨大というのは数百kb~Mbサイズです。

(無題) 削除/引用
No.5803-3 - 2017/03/06 (月) 11:36:10 - おお
ヒトやマウスで一部mRNAの配列がオーバーラップしている遺伝子はいくらか知られています。完全にエクソンの領域が一致しているかどうかは覚えていません。

(無題) 削除/引用
No.5803-2 - 2017/03/05 (日) 07:31:10 - おお
別の遺伝子、同じ遺伝子のご自身の定義は何でしょうか？
例えばプロモーターやTranscription Start Siteが違っていても同じ遺伝子として扱われることもありますよね。

スプライシングバリアント？ 削除/引用
No.5803-1 - 2017/03/03 (金) 14:13:56 - kaji
RNA-seqを行い、de novoでアッセンブルして得られた２つのコンティグ（AとB）が
1つのエクソンを共通にして（100%一致）、残りが全く相同性がない配列でした。
whole genome shotgunのde novoアッセンブルからはAとBの１つのエクソン（共通でない）が同一のscaffold上に見つかっています。
全遺伝子そのものが60 kbp以上ある巨大な遺伝子なので、各エクソンがバラバラのscaffoldになっていてdryからでは２つのcontigが同一遺伝子から転写されたものなのか（スプライシングバリアント）、別遺伝子なのかが見分けがつかない状態です。
どのような方法でこのことが立証できるでしょうか？
Aは5つ、Bは３つのエクソンからできているようです。
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