タンパクによっては透析チューブに吸着してしまうものも確実に存在します。もしそのタンパク質が吸着しやすいものであれば、度重なるチューブの交換は悪影響かもしれません。でもそのままチューブを使っても大差ないかもしれません。私は透析チューブを１回１回変えるようなことはしませんが、透析後に、特に不溶物が出なくてもタンパク量が激減(1/5以下)したことがあります。その時はチューブを少量のBufferで煮て、その溶液をPAGEにかけることでバンドが得られたので、タンパク質がチューブに吸着したと判断しました。
透析という手段での解決方法は分かりませんが、他の手段も検討されてはいかがでしょうか。しかし代表的な手段にも問題はあります。
例えば、透析を嫌って脱塩カラムなどでバッファーチェンジをすると脱塩カラムの中でどこかに消えてしまうこともあります。(ピークが得られない、開き直ってアルカリ洗浄などをしてもピークが得られない。何かしら良くわからない理由でカラムに強固に結合した？)
例えば、アミコン等でバッファーチェンジを試みると、底の方が局所的な高濃度になるため、タンパク質が不溶化してしまうこともあります。
タンパクの溶解度や疎水性などが影響するようですが、こればっかりは個性というやつかもしれません。
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