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たん白質　検索 トピック削除
No.5748-TOPIC - 2017/02/09 (木) 11:46:14 - 世のため人のため
たん白質の検索についてです。

あるたんぱく質のホモロジー検索をしたいのですが、おすすめのサイトをご存知の方、教えてください。

また、ホモロジー検索ではなく、検索したアミノ酸配列が何のたん白質になり得るかを検索するサイトも教えてください。例えば、MXXXXXXXX*というアミノ酸配列があったとして、このたん白質は何なのかを検索したいです。ホモロジー検索だと、この配列を含むすべてのたん白質がひっかかてきます。そうではなく、MXXXXXXXX*というたん白質です。

宜しくお願いします。
　
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(無題) 削除/引用
No.5748-9 - 2017/02/09 (木) 14:23:13 - おお
>MXXXXXXXX*なら9アミノ酸残基なので、「 9:9[slen] 」とすれば良いように思います。

こなれた人なら漠然とこういうのができるんだろうなぁと思ってました。さすがですね。

(無題) 削除/引用
No.5748-8 - 2017/02/09 (木) 14:15:43 - 774R
ゲノム配列の情報から予測したアミノ酸配列を元に、データベースを検索をしたいということで合ってますでしょうか？

もし同一配列のものが登録されていれば、ファーストメチオニンを含むアミノ酸配列やストップコドンの手前までのアミノ酸配列で検索したら出てくるんじゃないでしょうか？
タンパク質のデーターベースで出てこなければ、塩基配列でやってみたり、相手の塩基配列から予想されるアミノ酸配列とのサーチもやれば、予想されるタンパク質も相手にサーチしてくれるので見つかりやすいでしょう。


質問者様が持っている配列情報が
>プロモーター - ・・・・・ATG XXXXXXXX TAA・・・・・
ということでしょうか？

プロモーターを含むという事はゲノム配列ですか？
だとしたら、一続きにATGから終始コドンに続くということはスプライシングが起きないという想定でしょうか？


>あえて削られています。
の意味が良く分かりませんでした。

(無題) 削除/引用
No.5748-7 - 2017/02/09 (木) 14:05:52 - 中年
あああさんが挙げておられるProtein BLASTで検索する際に、Choose Search SetのオプションのEntrez Queryを使って検索されるターゲットの配列の長さを制限すると良いのではないでしょうか。

MXXXXXXXX*なら9アミノ酸残基なので、「 9:9[slen] 」とすれば良いように思います。

(無題) 削除/引用
No.5748-6 - 2017/02/09 (木) 14:05:42 - おお
>プロモーター - ・・・・・ATG XXXXXXXX TAA・・・・・
>という塩基配列があり

この配列はデーターベースにあるんでしょうか？ならばその遺伝子名からGene productsを見たほうがいいのでは？

たん白質　検索 削除/引用
No.5748-5 - 2017/02/09 (木) 13:28:25 - 世のため人のため
おお　さん

MXXXXXXXX*のMは開始コドン(メチオニン)、*は終始コドンを示します。

プロモーター - ・・・・・ATG XXXXXXXX TAA・・・・・
という塩基配列があり、MXXXXXXXX*は、上のATG XXXXXXXX TAAを指します。
ちなみに、プロモーターとATGの間(すなわち・・・・・)には開始コドン(ATG)はありません。

あえて削られています。
ですので、MXXXXXXXX*というたん白質ができると想定しています。

だとしたらいかがですか？


宜しくお願いします。

たん白質　検索 削除/引用
No.5748-4 - 2017/02/09 (木) 13:21:10 - 世のため人のため
あああ　さん

有難うございました。
NCBIの中のサイトですね。

試してみます。

(無題) 削除/引用
No.5748-3 - 2017/02/09 (木) 12:53:03 - おお
MXXXXXXXX*
このMがスタートコドンで*がストップコドンである遺伝子産物を探したいということでしょうか？
それについて一つ問題なのは、プロセッシングされてこの状態であれば、*の部分はストップでないかもしれません。Mもたまたま開始コドンでないけどそこで切れたためMで始まっているのかもしれません。

もしそうでないならdegenerate codeを使ってRNAの方を探ってみたほうがいいかな。

(無題) 削除/引用
No.5748-2 - 2017/02/09 (木) 12:19:58 - あああ
こちらのホモロジー検索が一般的です。
protein blast

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome

また、２つめの質問で、
>ホモロジー検索だと、この配列を含むすべてのたん白質がひっかかてきます。
とありますが、こちらの検索では、相同性が高い順に表示されますから、
100％一致するタンパク質があれば、最初に表示されます。
十分使用に足ると思いますよ。

たん白質　検索 削除/引用
No.5748-1 - 2017/02/09 (木) 11:46:14 - 世のため人のため
たん白質の検索についてです。

あるたんぱく質のホモロジー検索をしたいのですが、おすすめのサイトをご存知の方、教えてください。

また、ホモロジー検索ではなく、検索したアミノ酸配列が何のたん白質になり得るかを検索するサイトも教えてください。例えば、MXXXXXXXX*というアミノ酸配列があったとして、このたん白質は何なのかを検索したいです。ホモロジー検索だと、この配列を含むすべてのたん白質がひっかかてきます。そうではなく、MXXXXXXXX*というたん白質です。

宜しくお願いします。
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