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ウイルス粒子まるごとを用いてウエスタンブロットをしたい トピック削除
No.5741-TOPIC - 2017/02/07 (火) 08:52:12 - aa
宜しくお願いします

表題そのままですが、ウイルス粒子まるごとを用いてウエスタンブロットをしたいと考えていますが、そもそも電気泳動できるのでしょうか?

ウイルスサイズは大小様々、複数種あります
小さいといっても蛋白サイズとしては非常に大きくなるわけで…


背景としましては、ウイルス粒子をとある膜でコーティングして、
実際にできた膜の中にきちんとウイルスが入っているかを調べたいと考えています
膜自体は熱処理で壊れるものなのでSDS-pageに影響を及ぼしません

何卒お知恵をお貸しください
宜しくお願いいたします
 
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(無題) 削除/引用
No.5741-9 - 2017/02/07 (火) 16:34:11 - mon
抗体を蛍光標識して、ウィルス+膜・複合体との相互作用を蛍光相関分光法で測定する方法もある。機器はデモで借りるとか。大学なら共利研にないかな。
ただし、この手法でも、膜(ミセル?)がコーティングされているか付着しているだけかの判定問題が残りますね。

(無題) 削除/引用
No.5741-8 - 2017/02/07 (火) 14:22:38 - mon
どの程度大きさが変わるかにもよりますが、ゲル濾過カラムでも分子量によって分画出来ます。粒子の性質によってはカラム表面との水素結合による滞留が生じて分画できる可能性もあります。

(無題) 削除/引用
No.5741-7 - 2017/02/07 (火) 11:29:02 - おお
>膜自体は熱処理で壊れる
ウイルスも温度によっては熱変性するだろうけど(ばらばらになったりあぐったり)それは大丈夫なのかな、、、

膜にEncloseされているか調べるんだったら、ふつうのSDSPAGEでウイルスのタンパク質のうちの一つをWBすれば、証明はできそうなんだが、膜にEncloseする処理がウイルスに影響することを懸念してるんだろうか?それとも大きさのバリエーションで入りにくいものがあるかとかそのレンジが知りたいんだろうか、、、

一応アガロースでやっている例を貼っときますけど。
jvi.asm.org/content/17/3/916.full.pdf
www.apsnet.org/publications/phytopathology/backissues/Documents/1992Articles/Phyto82n07_803.PDF
www.dpvweb.net/dpv/showfig.php?dpvno=193&figno=04

SDSを使わないので、ウイルスの表面電荷等によってバッファーや流す方向に工夫がいるかもしれません。蛋白は大抵は高めのpHにするとマイナス電荷を帯びプラスへと移動するんだけど、100%保証の限りではありません。また粒子の構成タンパク質の違いが移動度に影響を及ぼす場合がありますので、100%必ずサイズを反映して移動するわけでもありません。

(無題) 削除/引用
No.5741-6 - 2017/02/07 (火) 11:06:30 - mon
ゼータポテンシャル(表面電荷)を測定する機器もありますよ。
偏光を測定しても良いかも?

(無題) 削除/引用
No.5741-4 - 2017/02/07 (火) 11:02:56 - mon
思慮が浅い感じが。。。
まず以下の点は考慮されていますか?
ウィルスは精製されているのか否か。
コーティングされたウィルスと裸のウィルスの生化学的性質の違いはどのようなものが想定されるか(電荷?)
ウィルスの検出方法は、抗体を使うしか無いのか?
その上で分離法に電気泳動が適切なのか?
例えば、イオン交換クロマトで分離>OD260(核酸をトレース)でコーティングされたウィルスと裸のウィルスを判定出来そう。あるいは各フラクションをウェスタンブロット(ドットブロット)して検出。
あるいはウィルス表面タンパクに対する抗体カラムに結合するか否かで判定する。
もっともコーティングされているか付着しているだけかの判定はどうするのか?電顕を使う?
などなど、検討事項はいろいろありそうです。

(無題) 削除/引用
No.5741-3 - 2017/02/07 (火) 11:00:54 - Tracker
SDS-PAGEだとウイルスの構成タンパク質はおそらく分離展開されるでしょう。
ところで前提として、ウェスタンでウイルスを検出できれば膜内にウイルスが入っているといえるような実験系なのでしょうか。
目的がウイルスの検出ならイムノブロット以外にも手はあると思いますが。

(無題) 削除/引用
No.5741-2 - 2017/02/07 (火) 09:16:24 - おお
だいたいどれくらいのサイズのレンジと考えているのでしょうか?通常のPAGEで大きすぎるならアガロースなどを使うこともできます。または超遠心などでもわけられるかもしれません。ゲルろ過カラムなどももしかしたら使えるかもしれません。

SDSは蛋白を変性させますから、蛋白のコンプレックスなどを見るには一般論としては蛋白のコンプレックスで形どっているもの(ウイルスをふくめ)にはあまり適していません(低濃度とか工夫次第では見れるかもしれません)。

ウイルス自身は膜を持ってないのでしょうか?例えばレトロウイルスは膜を持ってますよね。膜を持っていれば膜もデタージェント(SDSなど)センシティブですから、、、

ウイルス粒子まるごとを用いてウエスタンブロットをしたい 削除/引用
No.5741-1 - 2017/02/07 (火) 08:52:12 - aa
宜しくお願いします

表題そのままですが、ウイルス粒子まるごとを用いてウエスタンブロットをしたいと考えていますが、そもそも電気泳動できるのでしょうか?

ウイルスサイズは大小様々、複数種あります
小さいといっても蛋白サイズとしては非常に大きくなるわけで…


背景としましては、ウイルス粒子をとある膜でコーティングして、
実際にできた膜の中にきちんとウイルスが入っているかを調べたいと考えています
膜自体は熱処理で壊れるものなのでSDS-pageに影響を及ぼしません

何卒お知恵をお貸しください
宜しくお願いいたします

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