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遺伝子診断（SNIPs)の方法について トピック削除
No.572-TOPIC - 2012/05/27 (日) 02:36:28 - ペロ
こんにちは。皆様のお知恵を拝借頂けると幸いです。
よろしくお願いいたします。

患者さんで、ある特異な病態を持った方がおりまして、
その病態は家族性に発現し、ある遺伝子の遺伝子多型により、
発現することが知られております。
この、ある遺伝子の遺伝子多型を調べる方法を教えて頂きたいのです。
@血液は侵襲が大きいので、血液以外のものからサンプルを採取し、
DNA精製する方法。どこからどのように採取すれば良いのでしょう？
ADNA精製するのに良く使われる実験キットは？

DNAまで精製出来ればprimerを設計して（ある程度論文に載っています）、PCRを行い、PCR産物をTAクローニングなどでベクターに入れてから
シークエンスをして、その配列から遺伝子多型の有無を判別しようと考えております。

以上、何卒よろしくお願い致します。
　
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(無題) 削除/引用
No.572-7 - 2012/06/02 (土) 18:33:03 - うーん
ここで質問するような輩が患者からサンプルをとって実験をしようとするというこの状況はやばいと思う。

(無題) 削除/引用
No.572-6 - 2012/05/28 (月) 09:47:00 - R
>その病態は家族性に発現し、

遺伝病の遺伝子検査はかなりナイーブな事柄です。
検査の実施は、細心のインフォームをお願いします。

研究者の興味本位で踏み込んでいいことではありません。

検体については血液からが多いかと思います。
(血液の採取は通常、低侵襲とみなされるはずです)
お手軽には口腔スワブからのDNA抽出キットがあります。

遺伝子型の判定は、制限酵素やTaqManプローブ等による方法が確立されていれば、早いでしょうが、シーケンスしてもよいでしょう。
ただし、ダイレクトシーケンスだとヘテロの場合、判断し難い時があるかもしれません。

また、検査会社に相談されるのも良いでしょう。

質問者様の文面から不安を感じました。
きちんとIRBを通して、同意を得てくださいね。
(解析手法も手探りなので、今からIRBの書類を作成するのでしょうが)

(無題) 削除/引用
No.572-5 - 2012/05/27 (日) 16:27:13 - xyz
DNA精製もPCRも全て自分でやるつもりなのかな？

患者の身になると、聞きかじり読みかじりの知識で遺伝子検査されるなんて、ちょっとこわい。（よくあることなのかも知れませんが）

医療機関でも民間の検査機関でもいいけど、専門家と直に相談して欲しいなぁ。

(無題) 削除/引用
No.572-4 - 2012/05/27 (日) 03:39:43 - cu
自分の施設でのDNAの抽出は、通常血液あるいは組織からやっていますが、代替案としては口腔内のスワブによる擦過や毛を抜いて毛根の細胞からの抽出あたりが知られているかと。抽出自体はキットを使いたいなら、QIAGENのDNA extraction kitを使っていたことがあります。プロトコールどおりで、問題なく抽出できるでしょう。場合によっては、TAしなくてもPCR産物からダイレクトシーケンスできるかもしれませんね。あるいは特定のSNPがわかっていてそれを検出する制限酵素などがわかっていれば、シーケンスをしなくてもOKでしょう。

文面からはヒトの検体を扱うようですね。遺伝子検査に関するガイドラインは通常の組織を扱う場合よりも、きびしい制限を設けているように記憶しています。老婆心ながら、倫理委員会、同意書など細かい点をお忘れなく。場合によっては、実際にやっている施設に同意書・検体一式を送ってやってもらう方が簡単かも。

先程の追加です 削除/引用
No.572-3 - 2012/05/27 (日) 02:41:31 - ペロ
失礼しました。

遺伝子多型を調べる方法として、
参考になる本や、WEB上のページなども教えて頂けると幸いです。

併せて宜しくお願い致します。

先程の追加です。 削除/引用
No.572-2 - 2012/05/27 (日) 02:40:09 - ペロ

遺伝子診断（SNIPs)の方法について 削除/引用
No.572-1 - 2012/05/27 (日) 02:36:28 - ペロ
こんにちは。皆様のお知恵を拝借頂けると幸いです。
よろしくお願いいたします。

患者さんで、ある特異な病態を持った方がおりまして、
その病態は家族性に発現し、ある遺伝子の遺伝子多型により、
発現することが知られております。
この、ある遺伝子の遺伝子多型を調べる方法を教えて頂きたいのです。
@血液は侵襲が大きいので、血液以外のものからサンプルを採取し、
DNA精製する方法。どこからどのように採取すれば良いのでしょう？
ADNA精製するのに良く使われる実験キットは？

DNAまで精製出来ればprimerを設計して（ある程度論文に載っています）、PCRを行い、PCR産物をTAクローニングなどでベクターに入れてから
シークエンスをして、その配列から遺伝子多型の有無を判別しようと考えております。

以上、何卒よろしくお願い致します。
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