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PolyA+ mRNA-seqの解析でミトコンドリアの遺伝子も?
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No.5702-TOPIC - 2017/01/24 (火) 00:03:32 - mt
OligodTセレクションによるPolyAを持ったマウスmRNA-seqのライブラリーを作成、解析したいと思ってます。
解析には核にコードされた遺伝子だけでなく、ミトコンドリアにコードされた遺伝子も含めるのが一般的でしょうか?
一般的ではない場合、含めるためにはライブラリーの作成時もしくは解析時になにか特別な処理をする必要があるでしょうか?
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No.5702-2 - 2017/01/24 (火) 05:50:14 - おお
>解析には核にコードされた遺伝子だけでなく、ミトコンドリアにコードされた遺伝子も含めるのが一般的でしょうか?
それは一般論じゃなくってあなたの研究によるんじゃないでしょうか。
ヒトミトコンドリアではポリAがついて安定に存在するRNAがありますが、ポリAによる分解(バクテリアでよく知られている)も起こっているようです。プラクティカルにポリAを利用した細胞のトータールRNAの解析でどれくらいのミトコンドリアのRNAが解析できるかは私はわかりません。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16024781
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3160626/
PolyA+ mRNA-seqの解析でミトコンドリアの遺伝子も?
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No.5702-1 - 2017/01/24 (火) 00:03:32 - mt
OligodTセレクションによるPolyAを持ったマウスmRNA-seqのライブラリーを作成、解析したいと思ってます。
解析には核にコードされた遺伝子だけでなく、ミトコンドリアにコードされた遺伝子も含めるのが一般的でしょうか?
一般的ではない場合、含めるためにはライブラリーの作成時もしくは解析時になにか特別な処理をする必要があるでしょうか?
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