Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る　|　トピック一覧　|　研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム（readのみ）

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

Tophat( トピック削除
No.5673-TOPIC - 2017/01/14 (土) 10:22:45 - SK
[2017-01-11 10:54:52] Beginning TopHat run (v2.1.1)
-----------------------------------------------
[2017-01-11 10:54:52] Checking for Bowtie
Bowtie version: 2.2.9.0
[2017-01-11 10:54:53] Checking for Bowtie index files (genome)..
[2017-01-11 10:54:53] Checking for reference FASTA file
[2017-01-11 10:54:53] Generating SAM header for /Users/SK/my_rna_seq/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome
[2017-01-11 10:54:53] Reading known junctions from GTF file
[2017-01-11 10:55:04] Preparing reads
left reads: min. length=101, max. length=101, 27273582 kept reads (108679 discarded)
right reads: min. length=101, max. length=101, 27273582 kept reads (108679 discarded)
[2017-01-11 11:26:08] Building transcriptome data files A549_thout/tmp/genes
[2017-01-11 11:27:08] Building Bowtie index from genes.fa
[2017-01-11 11:41:34] Mapping left_kept_reads to transcriptome genes with Bowtie2

[2017-01-11 14:09:27] Mapping right_kept_reads to transcriptome genes with Bowtie2
[2017-01-11 16:37:02] Resuming TopHat pipeline with unmapped reads
[2017-01-11 16:37:02] Mapping left_kept_reads.m2g_um to genome genome with Bowtie2
[FAILED]
Error running bowtie:
Out of memory allocating plen[] in Ebwt::read() at bt2_io.cpp:272
Error: Encountered exception: 'std::bad_alloc'
Command: /usr/local/bin/../Cellar/bowtie2/2.2.9/bin/bowtie2-align-l --wrapper basic-0 -k 20 -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,1.25 --gbar 4 --mp 6,2 --np 1 --rdg 5,3 --rfg 5,3 --score-min C,-14,0 -p 1 --sam-no-hd -x /Users/SK/my_rna_seq/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome -
(ERR): bowtie2-align exited with value 1
　
- このトピックにメッセージを投稿する -



全2件 ( 1 〜 2 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

すみません 削除/引用
No.5673-2 - 2017/01/14 (土) 10:33:40 - SK
入力途中で何らかのミスによりトピックが立ってしまいました。暗証番号を入力する前だったためだと思いますが削除できません。削除する方法がありましたら教えて下さい。

Tophat( 削除/引用
No.5673-1 - 2017/01/14 (土) 10:22:45 - SK
[2017-01-11 10:54:52] Beginning TopHat run (v2.1.1)
-----------------------------------------------
[2017-01-11 10:54:52] Checking for Bowtie
Bowtie version: 2.2.9.0
[2017-01-11 10:54:53] Checking for Bowtie index files (genome)..
[2017-01-11 10:54:53] Checking for reference FASTA file
[2017-01-11 10:54:53] Generating SAM header for /Users/SK/my_rna_seq/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome
[2017-01-11 10:54:53] Reading known junctions from GTF file
[2017-01-11 10:55:04] Preparing reads
left reads: min. length=101, max. length=101, 27273582 kept reads (108679 discarded)
right reads: min. length=101, max. length=101, 27273582 kept reads (108679 discarded)
[2017-01-11 11:26:08] Building transcriptome data files A549_thout/tmp/genes
[2017-01-11 11:27:08] Building Bowtie index from genes.fa
[2017-01-11 11:41:34] Mapping left_kept_reads to transcriptome genes with Bowtie2

[2017-01-11 14:09:27] Mapping right_kept_reads to transcriptome genes with Bowtie2
[2017-01-11 16:37:02] Resuming TopHat pipeline with unmapped reads
[2017-01-11 16:37:02] Mapping left_kept_reads.m2g_um to genome genome with Bowtie2
[FAILED]
Error running bowtie:
Out of memory allocating plen[] in Ebwt::read() at bt2_io.cpp:272
Error: Encountered exception: 'std::bad_alloc'
Command: /usr/local/bin/../Cellar/bowtie2/2.2.9/bin/bowtie2-align-l --wrapper basic-0 -k 20 -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,1.25 --gbar 4 --mp 6,2 --np 1 --rdg 5,3 --rfg 5,3 --score-min C,-14,0 -p 1 --sam-no-hd -x /Users/SK/my_rna_seq/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/genome -
(ERR): bowtie2-align exited with value 1
全2件 ( 1 〜 2 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール  　アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます）
上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません）
解決（問題が解決した際にチェックしてください）
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 
〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。