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(無題) 削除/引用 No.5647-10 - 2017/02/06 (月) 13:11:11 - おお >2.0を超えるというのは2.00〜2.07くらいっていう微妙なところの意味です 経験的に自分のところではだいたいこの範囲なので わかりました。おそらくそのあたりで揃っていてそういうサンプルを使っているのかなと思っていました。ただよんだ人が２以上になればすごくきれいなんだと思い込み２．２とかそれ以上のサンプルを平気で使ってしまわないかと、、、そういう為にもう少し具体的な話を加えました。

(無題) 削除/引用 No.5647-9 - 2017/02/06 (月) 13:06:40 - おお http://www.nanodrop.com/Library/T009-NanoDrop%201000-&-NanoDrop%208000-Nucleic-Acid-Purity-Ratios.pdf Guanidine HCL used for DNA isolations will absorb at ~230 nm (F igure 4) while guanidine isothiocyanate, used for RNA isolations will absorb at ~260 nm (Figure 5).

(無題) 削除/引用 No.5647-8 - 2017/02/06 (月) 12:09:06 - IHC? 2.0を超えるというのは2.00〜2.07くらいっていう微妙なところの意味です 経験的に自分のところではだいたいこの範囲なので http://www.gelifesciences.co.jp/newsletter/biodirect_mail/chem_story/138.html にあるようにpure=約2.00は、実際には理論値では2.05 なので、2.2〜2.3とかにならない限り気にしません。 ところでグアニジンチオシアン酸塩ってピーク230じゃなかったですっけ？ 260/230が低くなると認識していたのですが 結局波形を見て、変なものは入っていなさそうかどうか 大まかに判断するわけですが細かいこと言い出すと RNAの“正確な”品質評価方法は現状ない、に落ち着いてしまう気がします トピ主さんの260/230<0.1に戻ると、“ちょっとした何かのコンタミ” と言うには230ピークががっつり入ってる=水層とる時ギリギリ攻めてない？と思った次第です

(無題) 削除/引用 No.5647-7 - 2017/01/27 (金) 16:57:51 - おお >水層とる時にぎりぎりまで これやるとサンプル中にあるRNaseが入ってくる可能性が高くなるので、純度とか以前の問題です。

(無題) 削除/引用 No.5647-6 - 2017/01/27 (金) 16:54:50 - おお 260/280で２を超えたらそれはちょっと適切なレンジを超えているので、２６０あたりにピークのある夾雑物が入ってないか心配だけど、、、guanidine isothiocyanateとか 微妙に超えてるぐらいだったらいいのかもしれませんけど、バッファーによってもかなり影響されますので、、、EDTAとか入っていると高めに出るんじゃなかったっけ。 またEDTAは２３０nmに吸収があるから、、、濃度とか考えるとどうだろうブランクで対処できるくらいかもしれませんが２６０・２３０ブレるかもと、、、 あと蛋白は２６０・２３０にあまり大きな影響を与えないようですよ。 https://en.wikipedia.org/wiki/Nucleic_acid_quantitation えられたRNAをもう一度クロロフォルムしてエタ沈するだけでかなりましになることはあると思います。

(無題) 削除/引用 No.5647-5 - 2017/01/27 (金) 16:20:33 - IHC? とりあえず、いろいろ勉強して貰うとして、 最近も脂肪組織から抽出しましたが260/280も260/230も2.0を超えました。 小さい組織ですが、収量も40µgはあります。 （私自身は2.0を超えないサンプルは使いません。 　ただし、1.8だろうが1.7だろうが、qPCRを阻害するかどうかは 　Primerセットによります） お金に余裕があればTrizol-RNeasy法を用いてみては？ これが一番確実で、よほど特殊なものを相手にしない限り一回で終わるので結局コストパフォーマンスが高い気がします あと、値が低すぎるのでプロトコルを見直し、 まず製品HP・添付資料の説明などを読み込むことをお勧めします 特に230が0.1というのは、タンパクとか中間層のコンタミですかね？ 水層とる時にぎりぎりまで攻めるより、慣れるまでは半分くらいでいいですよ。 RNA収量は下がりますが、純度は上がります。 脂肪層分離は、薄い膜みたいにしかならないことも多いので取り方を工夫してください

(無題) 削除/引用 No.5647-4 - 2016/12/30 (金) 18:15:52 - 直輝 そもそも、他の組織に比して、脂肪組織はRNA収量が1/10ぐらいしかない。 TRIzolでホモジェナイズ後、クロロホルムを入れる前に遠心して、上層の脂肪成分を除去する。 http://tools.thermofisher.com/content/sfs/manuals/trizol_J_12_Jun_2007_1.pdf と良いそうですよ。

(無題) 削除/引用 No.5647-3 - 2016/12/30 (金) 16:09:12 - FG 1mMのTris塩酸バッファーで溶かしています。 通常はTEバッファーに溶かすのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.5647-2 - 2016/12/29 (木) 20:00:44 - おお ちょっと低いですね。。。RNAはTEで溶かしてますか？ www.nanodrop.com/Library/T009-NanoDrop%201000-&-NanoDrop%208000-Nucleic-Acid-Purity-Ratios.pdf

RNAの純度について 削除/引用 No.5647-1 - 2016/12/29 (木) 18:43:37 - FG トリゾールにてRNAを脂肪組織から抽出しています。 RT-PCRで260/230の吸光度が通常だと1以上だと先輩から聞いているのですが、実際にやってみると0.1台であり、260/280は1.7程度です。 まず一般的にどれくらいの数値だとコンタミが少なく、信憑性があると言えるのでしょうか？ 抽出の際に気をつける点なども合わせて教えていただけたら幸いです。 よろしくお願いします。

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