「5'UTR」の意味は「promoter領域を含むコード領域(翻訳開始コドン:ATG）の上流」だとして、イントロンにもpromoter領域と協働する発現調節領域が存在することも多いことも勘案してください。また3'UTR（or CDS)にもmiRNAを介した発現調節領域が存在することがあります。どちらも確定はできない可能性は大きいですが、データベースで調べられます。
1.あり得ます。２.あり得ます。どちらも詳細に調べられていない限り誰も知りません。
1.に関して、より重要な情報として転写開始部位がどこだか確定していますか。転写開始部位がその足りない50bpに含まれていると転写が正常に行われない可能性が大きいです。データベース等で調べられませんか？
また50bp程度ならオリゴDNAを使って付加することも容易です。
２.に関して、
「クローニングの都合上」というのは使用する制限酵素部位が22bpほど翻訳開始コドンの上流にあると言うことでしょうか。
その配列がクローニングベクター由来の配列ならおそらく問題ないと思いますが、遺伝子B由来だと不明です。余分な配列を付加しないためには、PCRプライマーにBsaIやEsp3I認識配列（切断部位は認識配列と異なる）を付加しPCR産物を制限酵素処理し連結する方法もあります。遺伝子B産物の翻訳効率を上げるためコサック配列を付加してもよいと思います。
クローニングの方が労力が少ないと思いますので、憂い？の少ない欠失や余分な配列のない完全な形を作ることをお薦めします。 |
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