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(無題) 削除/引用 No.5610-3 - 2016/12/14 (水) 19:49:37 - SNP CDさん、 教えていただきありがとうございます。 目的遺伝子を入力して検索したのですが、一つもヒットしなかったので、何か方法が間違っているのかと思っていましたが、単純にこの遺伝子中にはSNPがないだけのようです。 ありがとうございました！ >[Re:2] CDさんは書きました : > あまり効率よく検索できていない、というのはどういう状況なのでしょうか？目的のSNPは一種類なわけで、とくに効率を考える必要はないと思うのですが。 > > dbSNPで目的の遺伝子を検索して、SNPのみにフィルターして、Multi-FASTA形式で保存して、SNP近傍の配列を使って検索すれば割と一瞬で解決する気がします。

(無題) 削除/引用 No.5610-2 - 2016/12/14 (水) 09:37:31 - CD あまり効率よく検索できていない、というのはどういう状況なのでしょうか？目的のSNPは一種類なわけで、とくに効率を考える必要はないと思うのですが。 dbSNPで目的の遺伝子を検索して、SNPのみにフィルターして、Multi-FASTA形式で保存して、SNP近傍の配列を使って検索すれば割と一瞬で解決する気がします。

SNPのサーチエンジンでいいのを教えてください 削除/引用 No.5610-1 - 2016/12/14 (水) 04:30:18 - SNP お世話になります。 現在あるヒト由来の組織からcDNAを取り出して、RTを行い、目的の遺伝子をクローニングしました。 配列を読むと一か所だけ、塩基が登録されている配列と異なり、これによりアミノ酸が変わっていました。 このアミノ酸配列をblast searchにかけても、該当するものがまったくなく、登録されている配列のみでした。 このため、PCRによるミスだと思い、再びPCRをRTからかけたのですが、全く同じ変異が入っていましたので、PCRによるエラーではなさそうです。 このcDNAの補正はするつもりですが、これがたまたまSNPだったのかを調べたいので、NCBIにあるdsSNPというサイトで見ているのですが、あまり効率よく検索できていません。 そこで、このような場合、この変異がSNPかを素早くわかるような検索サイトがまりましたらお教えいただければと思います。 よろしくお願いいたします。

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