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(無題) 削除/引用 No.5588-6 - 2016/12/02 (金) 11:06:43 - しゅん 返答遅くなってしまい申し訳ありません ＞hanaさん 貴重な情報ありがとうございます。 今日、ちょうどやるのでやってみたいと思います ＞APさん 終濃度のことだったんですね。ありがとうございます。 >20 uL反応に対して加えるものは、 >3.0 μL of 3 M sodium acetate (NaOAc), pH 4.6 >62.5μL of nondenatured 95%ethanol(EtOH) >14.5 μL of deionized water まさにこれでやっています。私の研究室では10µLの反応系なのでそれぞれ半量ですが。 EDTAを用いる方法が推奨されているのは存じておりますが、当研究室では使わなくても特に問題がないだろうということで 使っても使わなくてもいいということになっています。 ご回答ありがとうございました

(無題) 削除/引用 No.5588-5 - 2016/12/01 (木) 11:12:24 - AP 失礼、90 mM NaOAc (pH 4.6)/ 59% EtOH　は終濃度です。 このBulletinにしたがってやっていました。ver 3.0時代のものですね。 https://tools.thermofisher.com/content/sfs/manuals/cms_041276.pdf 20 uL反応に対して加えるものは、 3.0 μL of 3 M sodium acetate (NaOAc), pH 4.6 62.5μL of nondenatured 95%ethanol(EtOH) 14.5 μL of deionized water となっています。この組成なら（100% EtOHを使っていたので、終濃度があうように調整していましたが）析出はしません。 一方、普段のEtOH pptのために、3 M NaOAcとEtOHを混合したものを作って使っていますが、通常0.1 : 2の混合比では析出してしまうのでEtOH濃度が低くなるように水を加えて、（通常二倍量のEtOHのところ）3倍量をサンプルに加えたときに終濃度が合うようにしています。 ひょっとすると、「３M酢酸ナトリウムとエタノールをそれぞれ適量いれていますが」という方法が私が知っているのとは違うのかも。先にも書きましたが、いろいろ変遷してきて過去から現在まで数々の推奨プロトコールが残されていたのでややこしいです。しかし、いまざっと眺めてみると、ver. 3.1になってからはEDTAを入れる方法以外、オフィシャルなEtOH pptのプロトコールはないようにみましたがいかが、

(無題) 削除/引用 No.5588-4 - 2016/12/01 (木) 09:52:07 - hana うちで使っているのは3.1ですが。 必要量のミックスを作ってからそれぞれのサンプルに加えていますが、特に何かあったってことはないですね。 あらかじめってのは、使う直前にってことですが。

(無題) 削除/引用 No.5588-3 - 2016/12/01 (木) 09:40:56 - しゅん 返答ありがとうございました。 v3.1を利用しています。 EDTAについては使用していません。 3M酢酸ナトリウムと100%エタノールを混ぜても肉眼では析出等の変化は見られなかったため質問させていただきました。 "90 mM NaOAc (pH 4.6)/ 59% EtOH"　の方法は初めて聞きましたので、何とも言えないですが　3M酢酸ナトリウムと100%エタノールを使う場合でも可能なのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.5588-2 - 2016/11/30 (水) 15:21:09 - AP ver 1.1と3.1で適用がちょっと異なるし、エタノール沈殿の方法（組成）もメーカー推奨のオプションが数種類あるので、どの場面を想定してのことか？ EDTAを使用する方法としない方法があるが、使用する方はプレミックスは不可。EDTAが析出する。NaOAcとEtOHだけの方法なら90 mM NaOAc (pH 4.6)/ 59% EtOHがプレミックス可能で、わたしはそうしていた。ver. 1.1であれば塩なしでiPrOH沈殿する方法が簡単だし結果もいい。

BigDye terminator後のエタノール沈殿 削除/引用 No.5588-1 - 2016/11/30 (水) 14:59:14 - しゅん BigDye Terminatorを用いてDNAシークエンスを行っているのですが、 BigDye反応終了後、エタノール沈殿で精製しています。 その際、３M酢酸ナトリウムとエタノールをそれぞれ適量いれていますが、あらかじめ二つを混ぜておいて反応生成物に加えてもいいものでしょうか？ いつも個別に加えているので、数が多い場合、入れ忘れや加える量に差が出てしまっていないか不安になりますので、あらかじめプレミックスとして作っておけばそのようなことが防げるのではないかと思うのですが、何か不都合などが生じますでしょうか？ ご存知の方いらっしゃいましたら、助言宜しくお願い致します。

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