Bio Technical フォーラム

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遺伝子の3'末端下流の配列を取得 トピック削除
No.5571-TOPIC - 2016/11/25 (金) 12:28:47 - iden
現在着目しているとある遺伝子のいくつかにはことなる染色体にpseudogeneが大量にありまして、その3'末端から下流の配列を取得したいと思っています。
例えばNCBIのGeneでその遺伝子名で検索した結果150個ヒットしたとして、その遺伝子の配列(は別に含まなくてもいいのですが、含んでもいい)と、さらに下流例えば50塩基の配列を一括で取得する賢い方法はありますでしょうか?

最悪手で一つ一つGenome viewerからコピーしようかとも思うのですが、あまりにもスマートじゃないので何か良い方法がありましたらご教示いただけると大変助かります。
 
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(無題) 削除/引用
No.5571-3 - 2016/11/26 (土) 11:03:29 - iden
CDさん
情報ありがとうございます。TOGO TVで検索して、動画は見ていませんがスクリプト的な説明があって、見た限り5'UTR 3'UTRの配列を含めてダウンロードうんぬんと書かれてあったので、これで希望のことが出来そうです。
後ほど試してみようと思います。疑問点があったらまた質問させていただくかもしれませんが、多分大丈夫だと思います。
どうもありがとうございました!

(無題) 削除/引用
No.5571-2 - 2016/11/25 (金) 13:13:24 - CD
BioMartを使えばかんたんにできると思います。と思ったらBioMartは現在メンテ中のようなのでensembleとか、他のサーバーを使うように誘導されました。詳しいやり方はTOGO TVにもビデオがあったと思うので参考にしてみてください。

遺伝子の3'末端下流の配列を取得 削除/引用
No.5571-1 - 2016/11/25 (金) 12:28:47 - iden
現在着目しているとある遺伝子のいくつかにはことなる染色体にpseudogeneが大量にありまして、その3'末端から下流の配列を取得したいと思っています。
例えばNCBIのGeneでその遺伝子名で検索した結果150個ヒットしたとして、その遺伝子の配列(は別に含まなくてもいいのですが、含んでもいい)と、さらに下流例えば50塩基の配列を一括で取得する賢い方法はありますでしょうか?

最悪手で一つ一つGenome viewerからコピーしようかとも思うのですが、あまりにもスマートじゃないので何か良い方法がありましたらご教示いただけると大変助かります。

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