いつもお世話になっております。
以前糖鎖除去について
こちらに質問をさせていただいた者ですが
研究の目的タンパク質について、
N型糖鎖除去処理のみのバンドシフト(SDS-PAGE)と
コンピュータ解析による推定分子量に
大きな差(予想より30kDほど大きい)があり
O型糖鎖の除去やタンパク質の発現の解析を行っております。
糖鎖付加ソフトによる解析ではO型糖鎖は
ある程度ついているという予測でした。
なので
O-glycosidase処理を行いましたが
これはジサッカライドのみの切断しかできないため
バンドシフトが確認されませんでした。
ここで次に行いたい
網羅的な糖鎖除去に関しまして
トリフルオロメタンスルホン酸（TFMS）処理というものを
文献で見かけました。
しかし、どの文献を見ても詳しい濃度が記載されておらず
アニソールと2:1・9:1等、あらかじめ液体であるかのような記述のみでした。
ここで、TFMSは無水物で液状であることから
文献に用いられている物は無水物なのではないかと考えたのですが
確かめることができずこちらに質問させていただくことにした次第であります。
・上記の予想が合っているのかどうか
・文献は近年のものも見受けられましたが少なく、この方法は主流なのか
（↑簡便さや試薬の処理などの点から敬遠されている？)
こちらの方法に詳しい方がいらっしゃいましたら
ご教授願いたいと思います。よろしくお願い致します。
また、追伸としましては
上記方法が現実的に行えないと判断した場合
N型糖鎖除去を行ったタンパク質をフェノール硫酸法に供しまして
糖鎖が多く存在するかを判断しようかと考えております。
(定性的な観点で見てもかなり曖昧で
研究のステップとしては取り入れるのには抵抗があります。) |
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