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(無題) 削除/引用 No.5512-8 - 2016/11/01 (火) 17:24:35 - koko おおさん 軽くですが文献を読んでみました。 β-GlcNAc特異的な凝集素レクチン？のようですが 今後の解析で役に立つかもしれません。 もっとよく勉強します。 有難うございます。

(無題) 削除/引用 No.5512-7 - 2016/11/01 (火) 17:18:24 - koko サンショウウオさん 回答有難うございます。 こちらのサイトは利用したことはありまして C末側にSer/thr　rich な領域が存在し そこへ付加が多くされているのではないかという予測でした。 Fetuinさん 回答有難うございます。 自分の対象としているタンパク質は推定分子量50kDaと 比較的10%程度のゲル濃度で分離が見やすいとは思っていたのですが おっしゃる通り思ったよりもシフトが小さいのかもしれません。 違った方法で解析をすることを検討中であります。 またFetuinも、購入した方がよさそうですね。 アドバイス有難うございまいた。

(無題) 削除/引用 No.5512-6 - 2016/11/01 (火) 01:09:30 - おお succinylated wheat germ agglutinin を使えばトータルライセートで評価できるかもしれませんね。 www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3349994/

(無題) 削除/引用 No.5512-5 - 2016/10/31 (月) 22:47:10 - Fetuin 最近この分野の研究を始めました。 私もO型の糖鎖を切るためにO-Glycosidase & Neuraminidaseを使ってみました。酵素が間違いなく働いていることを証明するために、Fetuin（NEBで$68）を準備して、酵素で一晩反応させた後に4-12％のゲルに流してクマーシーで染めてみました。確かにバンドはシフトしてました（が、N-linkedを切ったときと違ってシフトはかなり小さいです。大きさ的に、もっと濃いゲルを使えば良かったか）。 そんなに高くないし、どの道酵素が生きてるかどうか調べる必要があるのであれば、買ってみても良いのではないでしょうか。 糖鎖のプロに聞いたところ、O-linkedは通常小さいから、SDS-PAGEでは差が見られないことも多い（けどマスにかければ見られる）という話でした。実際、自分の研究対象タンパクはそうでした（200KDaとそこそこ大きいからというのもあります）。

(無題) 削除/引用 No.5512-4 - 2016/10/31 (月) 15:53:35 - サンショウウオ O型糖鎖付加サイトをアミノ酸配列から予測するサーバーとかあったりします。 www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/

(無題) 削除/引用 No.5512-3 - 2016/10/31 (月) 15:13:01 - koko AspGDで簡単に調べられましたね汗 無学を晒してしまいお恥ずかしい限りです。 勉強になりました。有難うございました。

(無題) 削除/引用 No.5512-2 - 2016/10/31 (月) 14:56:32 - おお www.aspergillusgenome.org/cgi-bin/GO/go.pl?goid=6493 この辺りでひろえないかな。

O型糖鎖　除去酵素 削除/引用 No.5512-1 - 2016/10/31 (月) 14:34:31 - koko いつもお世話になっております。 私は麹菌を対象に研究を行っており タンパク質の解析を現在行っている学生です。 標的としているタンパク質について 糖鎖解析を行う過程で まず、酵素処理の後にSDS-PAGEにてバンドシフトを検出する 操作を行ったのですが ・Endo Hf ・O-Glycosidase & Neuraminidase Bundle(以下ONB) を用いた結果ONBについて全くバンドシフトが確認されませんでした。 つまり、O型の糖鎖が多く付加していないということが予想されますが 同じ部屋の人間がONBを―20℃保存の場所から室温の場所へ取り出し どの程度かわからない時間放置したという情報が入り このONBが現在活性を持つかどうか ポジティブコントロールにて調べておきたいと考えました。 しかし、麹菌由来でO型糖鎖を持つタンパク質を調べて見つけることが 私にはできず困っております。 説明書にあるような標準タンパク質を使えば良いのですが 確認のためだけに買うのもどうかと思いますので 躊躇っているところであります。 そこで、（できれば麹菌由来で)O型糖鎖除去による バンドシフトが観察されることが知られているタンパク質を ご存知の方がいらっしゃれば教えていただけないでしょうか。 よろしくお願い致します。

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