Bio Technical フォーラム

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アミノ酸をコードする遺伝子の塩基配列の検索 トピック削除
No.5507-TOPIC - 2016/10/29 (土) 13:32:12 - 初心者
いつも勉強させていただいております。

いま、ある遺伝子のconditional knockout miceを実験に使用しています。
loxP配列に挟まれる領域が何番目から何番目のアミノ酸をコードするかという情報は分かっているのですが、それが遺伝子上で何番目のexonにコードされているかを調べる方法が分かりません。
NCBI gene, NCBI proteinで遺伝子配列、アミノ酸配列は調べられるのですが、そこから上記の情報を調べることは可能でしょうか。あるいは、他に調べる手段があれば、ご教授いただけますと幸いです。
　
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(無題) 削除/引用
No.5507-3 - 2016/10/31 (月) 11:38:25 - 初心者
ありがとうございます。
使用して、検討してみます。

(無題) 削除/引用
No.5507-2 - 2016/10/29 (土) 15:02:54 - おお
使い慣れているかどうかによるでしょうけどensemblはわかりやすいと思っています。


grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=core;g=ENSG00000138798;r=4:110925657-110933376;t=ENST00000540840

grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Summary?db=core;g=ENSG00000138798;r=4:110925657-110933376;t=ENST00000265171

grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core;g=ENSG00000138798;r=4:110925657-110933376;t=ENST00000265171

アミノ酸をコードする遺伝子の塩基配列の検索 削除/引用
No.5507-1 - 2016/10/29 (土) 13:32:12 - 初心者
いつも勉強させていただいております。

いま、ある遺伝子のconditional knockout miceを実験に使用しています。
loxP配列に挟まれる領域が何番目から何番目のアミノ酸をコードするかという情報は分かっているのですが、それが遺伝子上で何番目のexonにコードされているかを調べる方法が分かりません。
NCBI gene, NCBI proteinで遺伝子配列、アミノ酸配列は調べられるのですが、そこから上記の情報を調べることは可能でしょうか。あるいは、他に調べる手段があれば、ご教授いただけますと幸いです。
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