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(無題) 削除/引用 No.5492-5 - 2016/12/14 (水) 22:23:15 - IHC? 今更ですが FCの倍率はあまり相手にしない方が良いと思います。 MicroarrayはProbe一つ一つの正確度は極端に低いですが、網羅的なので生命現象の把握に向いている。PCRは狙ったGeneのFCの把握に向いている。とまったく別物です。 時々論文でMicroarrayとPCRの相関を言っていることがありますが、何言ってんのかなって感じです 最近逆に丁寧だなと感心した論文は、Microarray→FC、P値、Probe強度（ここにかなり厳しいCut offを設定して結果が確実そうなProbeのみを対象にする）で選定→その後のGSEA解析でも当たるもの以外のProbeは対象外→PCRでの検討です。 個人的にはアレイ解析の丁寧さがその後の実験のスピードを左右する気がします

(無題) 削除/引用 No.5492-4 - 2016/10/21 (金) 13:43:46 - mon >[Re:3] AAさんは書きました : > そもそもマイクロアレイは偽陽性が出やすいですし、 AAさんの批評に賛成で、 そもそも最低でも4試料くらいの平均をとるべきだし、発現量が少ない遺伝子は結果が変動しやすいと教わりました。 結果が逆転した遺伝子は発現量が多いものなら、おおさんが指摘した理由等が考えられますね。

(無題) 削除/引用 No.5492-3 - 2016/10/20 (木) 20:21:59 - AA そもそもマイクロアレイは偽陽性が出やすいですし、 qPCRや組織学でvalidationするのが定番だと思いますから 食い違った場合はPCRの方を信用するのが一般的だと思います。

(無題) 削除/引用 No.5492-2 - 2016/10/20 (木) 12:10:30 - おお 違うことがあってもそんなに驚きませんが、もともとアレイでどの程度差があるものを拾ってきたのかなとちょっと思います。 原因はアレイもPCRも目的の遺伝子の一部の配列を見るわけですから、アイソフォームでどちらかでかからないものがあるとか言う場合もあるでしょう。まあ単なるクロスリアクションのシグナルを拾っている可能性もありますけど。 Standardizationの手法が違うと思いますので、それで違いが出ることもあるでしょう。WBで納得いく差が出そうならそちらを優先してもいいかもしれません（実験の目的によっては）。

マイクロアレイとPCRの結果に違いがある場合 削除/引用 No.5492-1 - 2016/10/20 (木) 11:33:39 - 大学院生 はじめまして。 みなさまのご指導を頂きたく、投稿しました。 最近マイクロアレイ解析を初めて外注し、 そこで変動した因子について、追加実験を行っています。 マイクロアレイは、ある因子Ｘをノックダウンしたもの・してないもの の2群間で比較を行い、大きく増加・減少した因子に絞って、 PCRで増減の確認を行っています。 PCRで使用しているサンプルは、 マイクロアレイ解析で使用したサンプルの残りで調整したもの、 および、例数を足すために、数サンプルは新規のサンプルを作成し、 検討しています。 元々、ある病態モデルを使用しており、ウェスタンなどでもバラツキが 出やすいサンプルでもあります。 PCRでいくつかの因子を検討したところ、 いくつかの因子はマイクロアレイとPCRの結果が合致したのですが、 ある因子ではマイクロアレイとPCRで逆の結果が出てしまいました。 ここで質問なのですが、 　・マイクロアレイの結果とPCR等の結果が相関しないことはあるか？ 　・もし上記がある場合、原因は何か？ 　・何か対応策はあるか？ 以上、ご教授頂きたいです。宜しくお願い致します。 長文失礼しました。

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