おお様
補足をいただきありがとうございます。
あ、これはUCSC Genome Browserで示されている線の部分が転写される領域と考えていいんですね。
最終exon以降も少し転写が続くことがあるのかなと思っていましたが、第一exonから最終exonまでが転写領域と考えていいんですね。
ふみ様
論文読んでみました。
RT primer (ATT CTA GAG GCC GAG GCG GCC GAC ATG- d(T)30(A, G, or C)(A, G, C, or T) とありますが、polyT以降の2塩基はmiRごとに相補的な塩基を選べということでしょうかね。
それから4-RNAという表記がどうにも理解できません。
これは何を意味しているんでしょうね。
これはそんなに大きな問題ではなさそうなので、ご紹介いただいた方法でRT-PCRができそうです。
＞もしもstem-loop primerを作ってみるなら、標的に貼りつく部分(の1部でも)をTmが高くなる修飾オリゴにした方がよいのではないかと思っています。
論文に書いてあるstem loopだとTmが低くて特異性が低いということでしょうか？
私、修飾オリゴで注文したことがないのですが、Tmが高くなる修飾オリゴって効果が高そうなものだと値段もだいぶ高くなるんですね。
「AP-dC」とかいう修飾は私がよく使う北海道システムサイエンスでは選べないみたいです（？）。
もし安価で、効果的で、のちのRTやPCRなどに干渉しない修飾をご存知でしたら後学のために教えていただければ幸いです。 |
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