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20-30 kbpのプラスミド トピック削除
No.5318-TOPIC - 2016/08/08 (月) 14:47:45 - ヤンマー
アガロースで泳動後に20-30 kbpのプラスミドの切り出し・精製をしたいと考えています。
QIAGENやPromegaのキットでは多くのものが<10 kbp対応となっており、試してみましたが精製できませんでした。
同じくらいの大きさのプラスミド精製について、経験のある方々はどうされていますか?方法やどのキットが良いなどアドバイスを頂けますか?
 
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No.5318-9 - 2016/08/08 (月) 21:02:18 - toto
私もMonoFasカラムに一票。シリカなど顆粒からなる他の樹脂と違ってMonoFasは一体になったカラムだからでしょうが、Bacサイズでも高い収率で取れます。簡単だし。サンプルをもらえるはず。

(無題) 削除/引用
No.5318-8 - 2016/08/08 (月) 17:59:07 - mon
MonoFasカラムはBACも取れるようです。
http://www.gls.co.jp/lifescience/monofas/dna_abstraction1/index.html

(無題) 削除/引用
No.5318-7 - 2016/08/08 (月) 15:08:02 - 中年
アガラーゼも簡単で使いやすい。

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No.5318-6 - 2016/08/08 (月) 15:02:30 - おお
透析膜にいれて電気泳動やったことがありますよ。Electroelutionといってました。

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No.5318-5 - 2016/08/08 (月) 15:02:12 - AP
シリカなどにくっつけるタイプのは、高分子量DNAに対しては結合や溶出の効率が高くないためか収量が低かったり、剪断力がかかって断片化がおこる。

マトリックス結合によらない方法を勧める。

(無題) 削除/引用
No.5318-4 - 2016/08/08 (月) 14:57:58 - AP
・フェノール抽出:低融点アガロースで泳動、切り出し、適当量のバッファーを加え、65℃程度の温和な加温で融解、フェノール(クロロフォルム不含)で抽出、EtOH ppt

・電気溶出:切り出したゲル片を泳動バッファー入りの透析膜にパック、泳動槽に戻して通電してゲルから溶出、透析膜内のバッファーを回収、必要に応じてPCI抽出、EtOH ppt

フェノール抽出の時にはvortexはしないで穏和に攪拌。

(無題) 削除/引用
No.5318-3 - 2016/08/08 (月) 14:56:58 - ema
「30Kb plasmid 精製」で検索するとロシュ、チヨダ、北海道システムサイエンスなど色々な会社のものが見つかります。<10Kbとキットに書いてあるのになぜQiagen等を試したのでしょう?
昔、アガロースを切り出し、透析膜に入れて(きれいな泳動バッファーを少し入れて)電気泳動します。透析膜内のバッファーに目的バンドのものが出てきますので、フェノクロ、エタ沈で回収ということをしていました。

20-30 kbpのプラスミド 削除/引用
No.5318-1 - 2016/08/08 (月) 14:47:45 - ヤンマー
アガロースで泳動後に20-30 kbpのプラスミドの切り出し・精製をしたいと考えています。
QIAGENやPromegaのキットでは多くのものが<10 kbp対応となっており、試してみましたが精製できませんでした。
同じくらいの大きさのプラスミド精製について、経験のある方々はどうされていますか?方法やどのキットが良いなどアドバイスを頂けますか?

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