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(無題) 削除/引用 No.5296-4 - 2016/08/01 (月) 23:52:32 - AP メーカーサイトの非常に行き届いた解説以上の説明がここで聞けるとは思えない。

(無題) 削除/引用 No.5296-3 - 2016/08/01 (月) 21:07:21 - 橘 とりあえず、イルミナの過去のwebinar jp.illumina.com/events/webinar.html から関係ありそうな資料を片っ端から落として内容をパラパラ見る。 わからないところもあるでしょうがとりあえず見てから、原理の解説を読むといいのではないかと思います。 なお、イルミナのシーケンサを使った研究にシーケンスの原理の理解はさほど必要ないと思います。 重要なのはデータの性質の理解で、bridge PCRやsequencing by synthesysを理解してもデータの性質の理解にはあまり役立ちません(シーケンスのトラブルシューティングには役立ちます)。 データの性質を理解するにはライブラリ作成方法の方が重要だと思います。 もちろんこれは相対的な話であって、シーケンス原理はどうでもいいというわけではありません。 16S細菌叢解析なら以下のPDFをおすすめします。 jp.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/apac/japan/documents/pdf/appnote_miseq_16s-j.pdf jp.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/apac/japan/documents/pdf/2014_techsupport_session3.pdf jp.illumina.com/content/dam/illumina-support/documents/documentation/chemistry_documentation/16s/16s-metagenomic-library-prep-guide-15044223-b.pdf jp.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/apac/japan/documents/pdf/2013_illumina_techsupport_session15.pdf

(無題) 削除/引用 No.5296-2 - 2016/08/01 (月) 19:45:19 - AA 「次世代シークエンス」と検索するだけでも かなりいろいろな情報が日本語で出てくると思います。 こちらで逐一説明するのは無理だと思うので そちらを参考にされると良いかと思います。 ・ブリッジPCR ・Sequencing by synthesis と言った語句で調べればいろいろわかると思います。 NGSは試薬類も機器も相変わらず高価なので、 きちんと理解されてから、始められることを強くおすすめします。 また、細菌叢の構成の解析であれば主成分分析などもやらないといけないので 解析方法についてもよく勉強されることをおすすめします。

次世代シーケンサーの原理・質問 削除/引用 No.5296-1 - 2016/08/01 (月) 18:41:10 - 虫いじり こんにちは． 現在，次世代シーケンサーを使って細菌叢の構成を解析しようと思って，illumina社のサイト等を見ているのですが英語で説明してることもあって，次世代シーケンサーの原理がわかりません． お手数がかかると思うのですがどうか説明をしていただけないでしょうか． 現在の理解としては， サンプルのDNAがフローセルに結合して，そこからbridge-PCRを介して増幅し，その後フローセルに残ったDNA鎖に蛍光標識をつけたヌクレオチドが結合し，発光を読み取ることで塩基配列がわかる というレベルです． 疑問点は， ・現在の自分の次世代シーケンサーの理解はあっていますでしょうか． ・フローセルとはなんですか？ ・サンプルの解析は,1サンプルごと別々に行われているのでしょうか？それとも，全てのサンプルを同時にシーケンスしているのでしょうか？ ・DNA鎖の量は，増幅したDNA鎖からの蛍光強度によって決定されるのでしょうか？ すみませんが，よろしくお願い致します．

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