現在180kb〜220kbのヒトのBACプラスミドを使ってシングルコピーのスポットのようなシグナルを得たいと考えています。
初めに500ngをNick translationで標識して、ヒト細胞でFISHを行った所、反復配列だと思われる染色体領域にたくさんの濃いシグナルが見られ、目的のシグナルが確認できませんでした。
BAC中に含まれる反復配列が問題と考え、次に同容量のプローブに5倍量のmouse Cot-1DNAを加えた条件でFISHを行った所、非特異的結合は減り目的のシグナルもいくつかの細胞で見られたのですが、まだ改善の余地があると思っています。
次はヒトのcot-1を用いて同様の工程でFISHを行ってみようと思っているのですが、Cot-1とプローブDNAの比率、プローブを撒く量など改善するべきところはあるでしょうか?
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