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アンチセンスオリゴの設計について トピック削除
No.5273-TOPIC - 2016/07/26 (火) 14:56:42 - miito
核内に存在するRNAをノックダウンしようと考えております。

核内RNAのノックダウンには、siRNAを使用するよりRNaseHの機構を用いた
アンチセンスオリゴ(ASO)がより効果的とのことですので、現在検討しております。
Exqon社のGapmerは高額ですので、自分で両端5塩基を2'Ome RNAに置換、
全塩基間の結合をPS結合にした20merのASOを合成するつもりです。

siRNAに関しては様々な設計ソフトがあると思いますが、
ASOでは見つけることが出来ませんでした。

そこで質問ですが、ASOを設計するサイトなどご存知でしょうか?
またマニュアルで設計する場合、2次構造を予測するなどのコツがありましたらお教え下さい。
　
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アンチセンスオリゴの設計について 削除/引用
No.5273-1 - 2016/07/26 (火) 14:56:42 - miito
核内に存在するRNAをノックダウンしようと考えております。

核内RNAのノックダウンには、siRNAを使用するよりRNaseHの機構を用いた
アンチセンスオリゴ(ASO)がより効果的とのことですので、現在検討しております。
Exqon社のGapmerは高額ですので、自分で両端5塩基を2'Ome RNAに置換、
全塩基間の結合をPS結合にした20merのASOを合成するつもりです。

siRNAに関しては様々な設計ソフトがあると思いますが、
ASOでは見つけることが出来ませんでした。

そこで質問ですが、ASOを設計するサイトなどご存知でしょうか?
またマニュアルで設計する場合、2次構造を予測するなどのコツがありましたらお教え下さい。
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