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(無題) 削除/引用 No.527-11 - 2012/07/25 (水) 20:52:27 - Harmonia ＣＤＳ <1..53 この場合、登録された配列にCDSが全長入っていないことになります。 この読み方は、 登録されている配列の１番目から５３番目はCDSであるが、その一方で まだ登録していない１番目よりも前にもCDSは存在している。

解決しました！コメントありがとうございました。 削除/引用 No.527-10 - 2012/07/25 (水) 17:20:32 - とん その通りに操作したところ、ＤＤＢＪの配列エントリーがでてきました。 以前図書館でひたすら、あら探ししてたときに見つけたのですが、バイオインフォマティクス第2版のp40〜41の図2.5にdj39さんのコメントに似た内容がありました！ ＦＥＡＴＵＲＳ以下の意味がわかっていませんでした。 例えば ＣＤＳ <1..53 が、配列の範囲、タンパク質コード領域を示していたのですね！ 他にも、ＦＥＡＴＵＲＳの欄には、どういう意味か分からないのがあるので、いろいろ調べて理解しようと思います！

(無題) 削除/引用 No.527-9 - 2012/07/25 (水) 16:28:32 - とん 返信が遅くなり申し訳ありません。 dj39さん、527-7さん丁寧に答えて頂きありがとうございました！ 質問内容はくんでいただいた通りで、 527-7さんの > �AtrnLまたはtrnF遺伝子の全長またはスペーサー領域 どちらかの遺伝子またはスペーサー領域であり登録されている配列であれば、dj39さんが書かれている方法で調べられるのかもしれません。 ただ、設計したプライマーの設計の仕方によっては両遺伝子は全長が増幅されません。その場合は、増やしていない部分は配列の解析には用いることが出来ません。 にあたります。参考にしてなんとか解決できそうな気がします！ お二方とも本当にありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.527-8 - 2012/06/14 (木) 16:26:50 - 通りがかり まず、どういうことをしたいのか質問者さんにもう一度話してもらうことから始めませんか？こっちが勝手に想像して長ーい説明しても、もしかしたら検討違いかもしれないですし、見当違いということも理解できない質問者さんがあさっての方向に進んでしまって、研究室内でよくわからないことを言い出したり、お互いのためにならないと思います。

目的は実験によって変わります 削除/引用 No.527-7 - 2012/06/14 (木) 14:33:13 - ~ やろうとしていることが、おそらくは分かりました。 > 今、解析しているのは、葉緑体のtrnＬ.trnＦです。 ということは、trnL遺伝子-スペーサー領域-trnF遺伝子の範囲がPCRの増幅対象ですよね。 貴方が得た配列情報についてしたい操作は、本当に”遺伝子”の配列に対して行うものですか？ trnLとIGSとtrnFのどれが目的の領域なのかを自分で認識していないと、 dj39さんが書かれているアクセッション番号の調べ方だけでは、3つのうちのどれ（もしくは全て）が目的なのかは定まりませんよね。 >調べ方もよくわからなくて。良い本もわかりません。 参考にした論文を再度読むべきかと思います。 >論文を基に読みたい領域のプライマーを設計し の論文は増やして終わりなのですか？ 解析をするために増やしているはずです。その解析の対象とされている範囲が、解析という目的に用いられる配列範囲でしょう。 >この領域の始まりの配列と終わりの配列を知りたくて。 "この領域"は何をさしているのでしょうか？ �@PCR増幅産物 PCRの増幅産物であれば、頭もお尻もプライマーの配列までです。 プライマーを設計したと書かれていますので、配列を知っているはずです。 �AtrnLまたはtrnF遺伝子の全長またはスペーサー領域 どちらかの遺伝子またはスペーサー領域であり登録されている配列であれば、dj39さんが書かれている方法で調べられるのかもしれません。 ただ、設計したプライマーの設計の仕方によっては両遺伝子は全長が増幅されません。その場合は、増やしていない部分は配列の解析には用いることが出来ません。 �Bプライマーを設計した論文で解析に用いられている領域 その論文を読まないと、その論文で解析に用いられた領域は分かりません。

(無題) 削除/引用 No.527-6 - 2012/06/14 (木) 12:58:13 - dj39 http://blast.ddbj.nig.ac.jp/blast/blastn?lang=ja まずはこちらのblastで、ご自分で決定された配列の相同性検索を行ってみてください。 http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html blastの結果から、相同性を示す遺伝子のアクセッション番号が分かるはずですので、こちらのページで番号を検索します。 CDSと書かれている行に、24..1553などの数字が書いてあります。これが、このアクセッション番号を持つ遺伝子におけるコード領域です。 いくつか試してみれば、ご自分で決定された配列のどこからどこまでが目的としている領域かが分かります。

(無題) 削除/引用 No.527-5 - 2012/06/14 (木) 12:16:13 - Q ＞論文を基に読みたい領域のプライマーを設計し増幅させています。 BLAST検索や論文の配列を参照して、確実に読みたい配列が読めていることはわかっています。 目的とする塩基配列情報のうち、どこからどこまでが目的とする領域か、その最初と最後の配列を知りたいのですが、みなさんはどうしていますか？ 私も、この文章の意味がわかりません。解説して下さい。 特に、「目的とする塩基配列情報のうち」と言っているのに つまり、とんさんが目的が何かわかっているであろうに、 「どこからどこまでが目的とする領域か」とあります。 ？目的がわかっているのに。どこからどこまでが目的とする領域か？？？ 教官に同じように言ったとしたら、そりゃ、よくわからんと言われるはずです。 まず、自分が何を聞きたいのか、日本語できちんと説明しましょう。

(無題) 削除/引用 No.527-4 - 2012/06/14 (木) 12:08:49 - とん コメントありがとうございます。 質問に言葉が足りずにすみません。 今、解析しているのは、葉緑体のtrnＬ.trnＦです。 この領域の始まりの配列と終わりの配列を知りたくて。 教官に話ましたが、よくわからんと濁されてしまい。 つまりは、自分で調べられる範囲の問題だと。 調べ方もよくわからなくて。良い本もわかりません。 こまっている次第です。

(無題) 削除/引用 No.527-3 - 2012/05/17 (木) 08:58:23 - ~ >目的とする塩基配列情報のうち、どこからどこまでが目的とする領域か、その最初と最後の配列 目的というのは、ORFか、転写開始点-終結までの範囲のどちらかをいいたいのですかね。 転写調節領域かもしれませんし、繰り返し配列かもしれませんね。 指導教官に話に行く前に、何が目的だったのかを確認にし、教科書を読んでおいたほうがいいと思いますよ。 「これまでダイレクトシークエンスをやってきて、このように配列の確認は出来ました。ただ、何を目的にやったのかが分からないので教えてください」 だと、怒り出す指導教官もいるでしょう。

(無題) 削除/引用 No.527-2 - 2012/05/16 (水) 23:08:36 - xyz 卒業研究の学生だったら、指導教官とコミュニケーションとって教えてもらった方がいいよ。 研究者だったら、誰でも出来ることだから。

DNA塩基配列と領域の関係 削除/引用 No.527-1 - 2012/05/16 (水) 21:21:46 - とん 卒業研究で植物のダイレクトシーケンスを行っています。 論文を基に読みたい領域のプライマーを設計し増幅させています。 BLAST検索や論文の配列を参照して、確実に読みたい配列が読めていることはわかっています。 目的とする塩基配列情報のうち、どこからどこまでが目的とする領域か、その最初と最後の配列を知りたいのですが、みなさんはどうしていますか？ 大豆やミヤコグサのゲノムは全て読まれているそうですが、HPに行っても、塩基配列と領域の入手方法がわかりません。 大豆では葉緑体における領域の地図が記載されている論文をみつけましたが、その論文には全配列が載っていませんでした。 どなたか教えていただけると嬉しいです。

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