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Ni-NTA Agaroseの遠心 トピック削除
No.5212-TOPIC - 2016/07/05 (火) 13:49:04 - m
いつも参考にさせてもらってます。

Ni-NTA AgaroseでHisタグ付きのタンパクを精製しています。
トランスフェクションした動物細胞の培養上清を精製してますが、
培養上清の量が多く、またElutionの濃度を上げるために

1 培養上清にNi-NTA Agaroseを入れてバッチ法で4℃、O/N
2 翌日遠心し上清を回収。回収後別の培養上清を入れて再びO/N
3 2を10回ほど繰り返してからElution

と言う風にしていますが、リカバリーが悪いです。
そこで質問ですが、Ni-NTA Agaroseは遠心でビーズが潰れるといった記事を見つけたのですが、
どの程度の圧力で潰れますか?

何度も繰り返さず1本だけで行うとそれなりに(60~80%)ほど取れているのですが、
その他に良くない作業がありますでしょうか、、、

どうかご教授下さい。
 
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(無題) 削除/引用
No.5212-10 - 2016/07/06 (水) 23:18:30 - くぁwせdrfちゅ
培地成分にはもともとNiへの結合を邪魔するものがあります。精製前に培養上清を十分に多い量の適切なbufferに十分な時間に透析してください。Ni-beadsの平衡化に使っているbufferがよいとおもいます。たぶんそれでいけます。

Ni-NTA Agaroseの遠心 削除/引用
No.5212-8 - 2016/07/06 (水) 10:00:21 - m
>[Re:7] OOさんは書きました :
> Elution with imidazole wouldn't ruin Ni resins much. If you feel Ni is eluted, you could recharge Ni ion.

勉強になります。
この方法も検討事項に入れます。

>[Re:6] asanさんは書きました :
>
> 一般的には、バッチ法よりもカラム法の方がこの手の実験の回収効率は非常に良いです。バッチ法の場合はベイトとプレイの3次元どうしの相互作用になるんですが、ビーズだけでも固定すると効率が非常によくなるんです。

そうなんですね、、、もう一度カラム法で試してみます。

> ちなみに、良くO/NでIPというプロトコールがありますが、ぶっちゃけO/Nしなくても1,2時間ぐらいで結構回収できます。4℃ O/nよりも室温1時間の方が効率が良いこともあります。というか、人によっては長すぎると悪影響すらあるっていうぐらいなので、可能であれば一度時間条件を変えてみるのも手かなあともいます。そうすれば1日で何回も吸着できるでしょう?80%回収っていうのはどうやって測定してるのかにもよりますが、そんなに悪くないきもしますが?当然上液中のタンパク質が減れば回収効率は落ちるため、それなら培養液を2倍にしてさっさとやってしまった方が最終的な回収量は増えるでしょう。

タンパク質の測定はELISAでStart Material、フロースルー、Wash、Elutionをそれぞれ測定しています。
80%出たのは1晩だけIPしたサンプルで、Elutionに80%出てくれました。


>
> ちなみに、上清の回収方法はどうやってますか?ディッシュでやるにしてもできるだけメディウムを減らして培養してぎりぎりまで粘って回収とかその辺を頑張って減らせば50mlのコニカルでもかなりの量のキャプチャーができると思いますが、それでも足りないのでしょうかね?mgオーダーで大量に必要なら、そもそも培養液で回収すること自体が力技にならざる負えないので、昆虫とか大腸菌でつくるのが一般的でしょう。

コンフにした細胞を無血清に換えてしばらくしてから回収してます。
無血清に換える際に培地量は減らす等の工夫は行っていますが、そもそも発現量が少なく(数十ng/mL程度)そちらも同時に検討はしております。
また、大腸菌や昆虫細胞ではその後の試験で使用出来ないために動物細胞を使用しています。


> 確認したわけじゃないですが、500g程度で遠心してNi-NTAがつぶれるって経験はないですけどね。それよりも、長時間4度で回しまくってるからはがれていくってことはないですかね?10回o/nを繰り返すということは単純計算でも10日ぐらいやってるならタンパクがヘタってくる可能性もあります。

タンパク質に関してはそれなりに分解、変性しづらいようなのですが
剥がれていっている可能性は十分に在ります。

皆さんの意見を踏まえ、いくつか検討してみます。

(無題) 削除/引用
No.5212-7 - 2016/07/06 (水) 04:02:21 - OO
Elution with imidazole wouldn't ruin Ni resins much. If you feel Ni is eluted, you could recharge Ni ion.

(無題) 削除/引用
No.5212-6 - 2016/07/05 (火) 23:22:38 - asan

一般的には、バッチ法よりもカラム法の方がこの手の実験の回収効率は非常に良いです。バッチ法の場合はベイトとプレイの3次元どうしの相互作用になるんですが、ビーズだけでも固定すると効率が非常によくなるんです。

ちなみに、良くO/NでIPというプロトコールがありますが、ぶっちゃけO/Nしなくても1,2時間ぐらいで結構回収できます。4℃ O/nよりも室温1時間の方が効率が良いこともあります。というか、人によっては長すぎると悪影響すらあるっていうぐらいなので、可能であれば一度時間条件を変えてみるのも手かなあともいます。そうすれば1日で何回も吸着できるでしょう?80%回収っていうのはどうやって測定してるのかにもよりますが、そんなに悪くないきもしますが?当然上液中のタンパク質が減れば回収効率は落ちるため、それなら培養液を2倍にしてさっさとやってしまった方が最終的な回収量は増えるでしょう。

ちなみに、上清の回収方法はどうやってますか?ディッシュでやるにしてもできるだけメディウムを減らして培養してぎりぎりまで粘って回収とかその辺を頑張って減らせば50mlのコニカルでもかなりの量のキャプチャーができると思いますが、それでも足りないのでしょうかね?mgオーダーで大量に必要なら、そもそも培養液で回収すること自体が力技にならざる負えないので、昆虫とか大腸菌でつくるのが一般的でしょう。

確認したわけじゃないですが、500g程度で遠心してNi-NTAがつぶれるって経験はないですけどね。それよりも、長時間4度で回しまくってるからはがれていくってことはないですかね?10回o/nを繰り返すということは単純計算でも10日ぐらいやってるならタンパクがヘタってくる可能性もあります。

Ni-NTA Agaroseの遠心 削除/引用
No.5212-5 - 2016/07/05 (火) 18:07:01 - m
皆様

返答ありがとうございます。
うんk様
>リカバリーとはつまり、回収率ということですよね。まあ繰り返しなしでいけるのなら他に条件検討>するよりは多少労力を使ってもいいのではないでしょうか。時間も大きいです。
数本のサンプルであれば1本ずつやろうと思うのですが、100本近くあるためこの方法を行った次第でした。

中年様
>遠心しなくても静置すればビーズはすぐに沈むでしょう。
沈みますが、どうも小さいビーズがふよふよと浮いているのを吸ってしまうので
それを避けるべく遠心しておりました。

>ビーズが潰れているかどうかは実体顕微鏡で眺めてみればわかると思います。
なぜかその発想はありませんでした。
見てみます。

バッチ法じゃなくってカラムのほうが良くないかな、、、多めにレジンをつかって。
いきなりNiビーズよりももう少しやり方がありそうな気もするけどね。バッチでやるなら毎回エリューションして集めてから濃縮することを考えたほうがいいんじゃないかな。

おお様
>バッチ法じゃなくってカラムのほうが良くないかな、、、多めにレジンをつかって。
>いきなりNiビーズよりももう少しやり方がありそうな気もするけどね。バッチでやるなら毎回エ>リューションして集めてから濃縮することを考えたほうがいいんじゃないかな。
カラム法も試しましたが、それこそ回収率が悪かった為にバッチ法に換えて検討中でした。
また多めにレジンを使いたい所ですが研究費が余り多い研究所では無いため、節約を促される以上余りそういうことは避けたい次第です...
毎回Elutionする際には、毎回イミダゾールを落とす作業が必要になってきますよね?(すみません勉強不足で詳しくは分かっておりません)
その際は吸着が逆に落ちてしまわないのでしょうか。


>カラムの吸着のキャパなどは調べてるよね。
はい、キャパはサンプル総含量の1000倍以上在ることは確認済みです。

申し遅れましたが、QIAGEN社のNi-NTA Agaroseを使用しています。

(無題) 削除/引用
No.5212-4 - 2016/07/05 (火) 17:01:43 - おお
バッチ法じゃなくってカラムのほうが良くないかな、、、多めにレジンをつかって。
いきなりNiビーズよりももう少しやり方がありそうな気もするけどね。バッチでやるなら毎回エリューションして集めてから濃縮することを考えたほうがいいんじゃないかな。

カラムの吸着のキャパなどは調べてるよね。

リカバリーが悪いということはちゃんと吸着しているか確かめてるんですよね。また、レジンについたままアグっている可能性も否定してますよね。数千gぐらいまでなら支持体は大丈夫だと思いますけど、培地を使っているのでアミノ酸やNiとの相互作用を阻害するものが含まれていますので、従来の吸着のキャパまではつかないかもしれない。特に後半の吸着は弱くなってるんじゃないかな。

(無題) 削除/引用
No.5212-3 - 2016/07/05 (火) 15:12:33 - 中年
遠心しなくても静置すればビーズはすぐに沈むでしょう。

Ni-NTAに非特異的に吸着するものは培養上清にいろいろ含まれているでしょうから、次第に収率が落ちていくのは自然なことではないでしょうか。ビーズが潰れているかどうかは実体顕微鏡で眺めてみればわかると思います。

(無題) 削除/引用
No.5212-2 - 2016/07/05 (火) 14:27:20 - うんk
バッチ法でもいいですが、それでなくてもovernightでペリスタポンプで流しっぱではいけないのでしょうか?

確かにもの(ビーズ)によってはvoltexは禁忌だとかいいますよね。擦れることで壊れてしまうんでしょうね。

>と言う風にしていますが、リカバリーが悪いです。
リカバリーとはつまり、回収率ということですよね。まあ繰り返しなしでいけるのなら他に条件検討するよりは多少労力を使ってもいいのではないでしょうか。時間も大きいです。

Ni-NTA Agaroseの遠心 削除/引用
No.5212-1 - 2016/07/05 (火) 13:49:04 - m
いつも参考にさせてもらってます。

Ni-NTA AgaroseでHisタグ付きのタンパクを精製しています。
トランスフェクションした動物細胞の培養上清を精製してますが、
培養上清の量が多く、またElutionの濃度を上げるために

1 培養上清にNi-NTA Agaroseを入れてバッチ法で4℃、O/N
2 翌日遠心し上清を回収。回収後別の培養上清を入れて再びO/N
3 2を10回ほど繰り返してからElution

と言う風にしていますが、リカバリーが悪いです。
そこで質問ですが、Ni-NTA Agaroseは遠心でビーズが潰れるといった記事を見つけたのですが、
どの程度の圧力で潰れますか?

何度も繰り返さず1本だけで行うとそれなりに(60~80%)ほど取れているのですが、
その他に良くない作業がありますでしょうか、、、

どうかご教授下さい。

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