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解析方法の明確化 削除/引用 No.5188-5 - 2016/06/27 (月) 16:30:24 - ema 他の方も指摘しているように何かすっきりしないのかが判りません。 上昇したと減少した合わせた2000の遺伝子がうまくカテゴライズされずヒットラランクも低い、などでその後の解析の遺伝子が絞り込めないとかなのでしょうか？予想と違う遺伝子がうごいてるからすっきりしないのでしょうか？ 高額なソフトをつかっても、たくさんの遺伝子入れて、オートで有用な相関性のある遺伝子をさししめしてはくれません。 あと各1000は多すぎます。絞り込みが必要です。 解析の方法をもっと考えることが先だと思います。 2015にリリースされたフリーで、下記のが比較的使いやすいです。 アレイ、次世代データ両方入ります。 ExAtlas http://lgsun.grc.nia.nih.gov/exatlas/

(無題) 削除/引用 No.5188-4 - 2016/06/27 (月) 12:22:47 - ANO IPAを使ってます 詳しい人の話では、高額なだけの価値はあり、 フリーのところでは、データベースが古いそうです

(無題) 削除/引用 No.5188-3 - 2016/06/27 (月) 00:56:51 - おお なにがすっきりしないのか、いまいちすっきりしません。 データーがあなたの視点でクリアじゃないと思うなら、他を使ってもそう思うんじゃないかな？ それとも使い勝手の問題なのかな？ 具体的にどんなアルゴリズムを使ってどのようにOutputを導きたいとかあるかな？

(無題) 削除/引用 No.5188-2 - 2016/06/27 (月) 00:00:22 - toto すっきりしない、というのがどういう意味かわからないですが、Cytoscape www.cytoscape.org/what_is_cytoscape.html はversion upを繰り返してて、割と老舗と思います。Plugin（Apps）も揃ってます。見られました？他にも、Pathway analysisで検索すれば、わんさか出てきます。そんな中、IPAは今どき感がします。

RNA-seqデーターの解析について 削除/引用 No.5188-1 - 2016/06/26 (日) 13:40:23 - RNA-seq 　初めて投稿させていただく大学院生です。本学ではRNA-seq、マイクロアレイを行っている人が少ないために、本サイトでご相談をさせていただきます。 　マウスの肺組織を用いて、刺激群と非刺激群のmRNA解析をそれぞれ行い、その病態を解明をする目的で比較検討を試みました（それぞれ4検体ずつ）。その結果、上昇した遺伝子が約1000、減少した遺伝子約1000個もあることが判明しました。その変動した遺伝子を統合的に解析をし、病態解明を行いたいと思い、他の論文を参考にDAVID、Pantherのサイトをみながら、Pathway解析を試みてみましたが、いまいちすっきりしません。そこで、お尋ねしたいのですが、RNA-seqの解析にどのような方法（サイトやソフトなどを含め）がありますですしょうか？ご教示いただけますとさいわいです。（サイトでIPAをみつけましたので、問い合わせましたが、高額であり、予算上断念せざるおえない状況でした）

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