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QIAshredderの意味
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No.5174-TOPIC - 2016/06/22 (水) 12:04:34 - kon
私はキアゲンのRNeasy mini kitとQIAshredderを使ってサンプル調整をしています。
ここで疑問なのですが、培養細胞から抽出する際にQIAshredderは必要でしょうか?
RNeasy mini kitにも細胞溶解試薬は入っていますので、それで十分ではないのでしょうか?
論文では結構使っていますが、QIAshredderは高いので可能なら使いたくないです。
それとも使用すると収率が劇的に向上するのでしょうか?
よろしくお願いします。
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No.5174-4 - 2016/06/22 (水) 13:57:29 - AP
使ったことないので検索してみましたが、
https://www.qiagen.com/jp/shop/lab-basics/plastics/qiashredder/
まさに「注射器と注射針でのホモジナイズに代わる方法」と書いてあるではないですか。使いたくなければ教科書通りシリンジで注射針の中を往復させればよろしい。
破砕のためには何らかのホモジナイズはしたほうがいいし、高分子量のゲノムDNAは粘性が高く精製を妨げるのでせん断したほうがいい。Trizolなどでは中間層が粘稠になって上清が分離しにくくなったり中間層にRNAがトラップされて収量が下がる可能性がある。カラムを使う方法では、カラムに引っかかり目詰まりを起こしたり、洗浄されきれずにRNAの純度を下げるかもしれない。
(無題)
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No.5174-3 - 2016/06/22 (水) 13:24:14 - CD
ゲノムのネバネバがなければ別にQIAShuredderいらないと思うし、コストカットしたいならシリンジの方が安いかもしれません。あまりにネバネバしている細胞溶解液にエタノール混ぜていい気分にはならないなあ。細胞数に対するLysis bufferの量にもよるかな。
(無題)
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No.5174-2 - 2016/06/22 (水) 12:15:53 - ゆとりさん
そのくらいなら、自分で実際にやれば確かめられると思うのですけど
使わなくても収量に違いがない、あるいは検出に問題ない収量とれるのであれば、RNeasyだけでよいのでは?
そもそも、RNeasyのプロトコールは読んだのでしょうか?
QIAshredderの意味
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No.5174-1 - 2016/06/22 (水) 12:04:34 - kon
私はキアゲンのRNeasy mini kitとQIAshredderを使ってサンプル調整をしています。
ここで疑問なのですが、培養細胞から抽出する際にQIAshredderは必要でしょうか?
RNeasy mini kitにも細胞溶解試薬は入っていますので、それで十分ではないのでしょうか?
論文では結構使っていますが、QIAshredderは高いので可能なら使いたくないです。
それとも使用すると収率が劇的に向上するのでしょうか?
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