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(無題) 削除/引用 No.5127-7 - 2016/06/06 (月) 06:32:36 - おお 下流の分子の状態などが安定してたら、直接的でも持続的なKDが必要になるかもしれません。siは外から大量のRNAを細胞内外に加えるのですから、その効果をどこまで無視できるのか（もちろんネガティブコントロールはとるでしょうけど）も考えるべきかもしれません。siは突然大量のRNAが細胞内に入るわけですから、その効果はshよりは理論的に強いものが期待できるかもしれませんけど、オフターゲットの効果がshより高い可能性もあります。 siでだめだからshというのは単純な発想でそうするのならたしかに疑問符がつくかもしれませんけど、それぞれメリットデメリット、見るアウトプットなどいろいろ総合的に考えて、どちらかで効果があればその効果について検証してみると言うのはあり得るかとも思います。

(無題) 削除/引用 No.5127-4 - 2016/06/06 (月) 05:14:40 - Rescue レンチのshRNAでも、conditionalの系を使えば、比較的早期の反応を見ることが可能と思います。 siRNAでは効果がないが、constitutiveのshRNAで安定株を作った場合には効果が見られる場合、おっしゃられる通り、ノックダウンの状態に適応した定常状態での効果を見ている可能性が高く、間接的な要素が入っていると思います。しかし、それはそれで一つの表現形であり、そこに生物学的な意味がある場合もありますので、きちんと解釈した上で仕事を進めて行けば良いと思いますよ。

(無題) 削除/引用 No.5127-3 - 2016/06/05 (日) 10:35:40 - toto それはsiかｓｈかではなく、KDをtransientに行うか、恒常的に行うかの違いでしょう。確かに後者では細胞の適応が起きるので、異なる効果が観察されることがあります。それで特に信号伝達の分野では、ｓｈでStableな細胞を作ったときはなるべく早く観察して論文にすることという、「アドバイス」がよくされてました。再現性が無いことも珍しくなく、今から思うとどうかと思いますが。 shでも"transient"で見れば、siと同じような効果が観察されるはずです。ドミネガでもなにかの阻害剤でもそうですが、定常状態が乱された初期の状態と、それへの適応が起きて発現パターンが変化した後とでは、見かけの”効果”は異なるでしょう。そういうことを丁寧に論じた論文はあまり見ませんが。

(無題) 削除/引用 No.5127-2 - 2016/06/05 (日) 00:37:54 - おお >本来の遺伝子をノックダウンすることによるシグナルへのダイレクトな影響を見ていることにはならない気がしています。 断言できませんが、siのほうがshより、より直接的な影響を見ている可能性は高いです。ただしsiだからといって直接的な作用であるとは限りません。shで直接的な影響を見ている論文もあります。またsiやshで間接的な影響やバイオロジカルなビヘイビアーを見たりしている論文もあります。 判断が正しいかどうかは個々の研究で考えるべきだと思います。

siとshによるノックダウンの違い 削除/引用 No.5127-1 - 2016/06/04 (土) 21:50:25 - ノックダウン 疑問に思ったことがあるので質問させてください。 一般的にノックダウンを行う際はsiRNAを用いると思いますが、主にレンチを使った系でshRNAによるノックダウンも行われると思います。 例えば、siRNAである遺伝子をノックダウンしたところノックダウン効率が十分にもかかわらず、シグナルへの影響がほとんど見れなかった（影響なかった）。 だからshRNAを使って同様の遺伝子をノックダウンする、という考え方はサイエンティフィックに正しいのでしょうか？ 私が考えたのは、レンチでshRNAを発現させると、その細胞株を樹立するまでにしばらく時間がかかるため（インフェクション、薬剤セレクション等）、結果的に細胞内の様々なシグナル（代償を含めた）が安定した状態を解析することになり、本来の遺伝子をノックダウンすることによるシグナルへのダイレクトな影響を見ていることにはならない気がしています。 siとshを使った結果に対する解釈の違いとは何なのでしょうか？ 使っている細胞はprimaryとかではなく一般的な細胞株です。

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